医用多因素分析-计算表观遗传学中的多因素分析方法.pptVIP

结果统计及差异甲基化区域分布 QDMR筛选结果统计 差异甲基化区域在相应物种各染色体上的分布图 可以右击设置保存该图 导出结果及后继分析 QDMR的帮助文档 简洁的软件用户指南 详尽的在线使用手册 /qdmr/ QDMR的应用举例 应用QDMR筛选并分析人类16个组织间的差异甲基化区域； DNA甲基化数据： MeDIP测定的人类16个组织中全基因组的DNA甲基化数据； Data 利用QDMR筛选组织差异甲基化区域 安装使用QDMR 本地版QDMR 在线版QDMR /qdmr/ 结果1：定量的组织间甲基化差异 应用QDMR定量人类组织间甲基化差异； 熵越小的区域拥有更大的甲基化差异 结果1：定量的组织间甲基化差异 各基因组区域呈现不同的组织间甲基化差异； CpG岛拥有较小的甲基化差异； 低CpG密度启动子呈现较大的甲基化差异。 结果1：定量的组织间甲基化差异 CpG密度呈双峰分布； 甲基化差异依赖于CpG密度。 结果2：人类组织间差异甲基化区域 应用QDMR共筛选人类16个组织间的差异甲基化区域10651个；非差异甲基化区域； 且这些差异甲基化区域显著富集组织分化相关的功能 结果3：差异甲基化区域的组织特异性 各组织中均有特异甲基化的T-DMR；且分布不均匀； 特异低甲基化T-DMR和特异高甲基化T-DMR在各组织间的分布也不尽相同。 结果3：差异甲基化区域的组织特异性 CD4+T细胞特异低甲基化T-DMR与激活型组蛋白修饰相关； CD4+T细胞特异高甲基化T-DMR与抑制性组蛋白修饰相关。 第五节 甲基化数据实例分析 实例分析 前列腺癌DNA甲基化数据的分析 原始数据格式 M?Methylated, U?Unmethylated, β值:0~1 提供给用户的数据 Hierarchical clustering of prostate tissues by DNA methylation 181 prostate tissues and 26,333 CpGs, by sample and by CpG. (Red branches) Tumor samples; (Blue branches) benign adjacent samples; high DNA methylation (red pixels); low DNA methylation (green pixels). Differentially methylated CpGs of prostate tumors. 5912 CpG sites hypermethylated in tumors compared to benign adjacent tissues； 2151 CpG sites hypometnylated; Differentially methylated CpGs of prostate tumors. 1、利用聚类软件聚类癌症甲基化谱 2、利用QDMR筛选前列腺癌的甲基化标记位点 3、基于SVM构建预测癌症甲基化位点的模型 学习探讨 多因素分析软件及绘图 阶段二课堂考试 上课时间：本周五下午，地点不变 下节课内容 复杂复杂疾病 * 复杂复杂疾病 * 目前从高通量实验数据中筛选差异甲基化区域的方法主要有以下几种，然而这些方法有的只适用于固定的样本数目，有的则受统计学背景的限制。为了弥补这些方法的不足，在本课题中我们将基于香农信息熵的理论开发一种新的方法。 香农信息熵是一种度量差异和不确定性的定量化指标； 本课题中我们将基于信息熵开发定量筛选差异甲基化区域的方法。 * * * Epigenomics简介 NIH Roadmap Epigenomics Epigenomics是NIH Roadmap Epigenomics的重要组成部分，有利于不同表观基因组研究机构之间的信息共享，促进了当前各方面的表观遗传研究。 Epigenomics是当前较为全面的表观基因组数据库。该数据库提供了DNA甲基化、组蛋白修饰等各种全基因组尺度的表观基因组数据的存储、下载、可视化等功能。 Epigenomics的使用 Epigenomics访问方式 Epigenomics数据搜索 Epigenomics数据可视化 Epigenomics数据下载 Epigenomics数据比较分析 Epigenomics访问方式 1、通过NCBI首页 2、通过地址直接访问