第12章微生物的分类鉴定.ppt

特异性的探针主要用于 病原微生物的快速鉴定 四、其它 血清学试验、噬菌体分型、生态特性、氨基 酸顺序和蛋白质分析、对细胞壁等细胞成分 的分析比较、通过原核生物的转化、转 导、接合来判断原核生物的亲缘关系等等。 BIOLOG自动微生物鉴定系统 * * 第十二章 微生物的分类和鉴定 形成于35亿年前的微生物化石 主要是些类似简单杆状细菌的原始生物 形成于8.5亿年前的微生物化石 20亿年前以后的岩石中的微生物的化石形态多样性明显增多 形成于10亿年前的微生物化石 形态上非常类似于现代的蓝细菌， 进行不产氧光合作用的光能自养 菌，及化能无机营养的硫细菌。 形态上类似于现代的绿藻（真核生物） 今天仍生存在地球上的生物种类， 彼此之间都有或远或近的历史渊源。 最原始的生命 漫长的进化历程 千姿百态的生物种类 生物分类的二种基本原则： a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标； b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。 从进化论诞生以来，已经成为生物学家普遍接受的分类原则 生物系统学(systematics) 进化的测量指征 rRNA作为进化指征 ⑴ 生物功能：rRNA参与蛋白质的合成。 ⑵ 分子结构：序列中既存在高度保守的区域，也存在高度变化区域。其中16S rRNA大小适合，操作方便。 ⑶ 数量与分布：数量大，普遍存在于原核和真核生物中。 利用16S rDNA序列对微生物进行鉴定 利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家 Carl Woese 微生物的16Sr DNA序列具有进化上的保守性，因此可作为分类的良好依据。 基于16S rDNA序列同源性的脱氮细菌系统发育树 培养微生物 提取基因组DNA rRNA序列测定 分析比较 微生物之间的系统发育关系 16S rDNA微生物鉴定流程 PCR扩增16S rDNA片段 第一节 细菌分类 分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。 分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育 相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成 系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的 微生物进行鉴定； (根据现有数据建立系统的过程) 分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分： 鉴定 分类、 命名、 命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称； (分类系统建立过程中的步骤之一) 鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程) 主要以细菌为例介绍微生物分类、命名和鉴定的有关知识 常用的细菌分类学术语： 1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长 物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。 2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养 物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株， 以便与原来的菌株相区别。 菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体 一、分类单元及其等级 Bacillus subtilisASI.398 Bacillus subtilisBF7658 生产蛋白酶 生产α淀粉酶 3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌 株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。 例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的 不同分为不同的噬菌型等。 4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元和分类等级。 高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准。 微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。 伯杰氏手册 《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology) 美国宾夕法尼亚大学的细菌学教