用作交联剂的甲醛可改变细胞蛋白质谱 - 中国细胞生物学学报.pdf

中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2016, 38(8): 945–960 DOI: 10.11844/cj cb.2016.08.0179 用作交联剂的甲醛可改变细胞蛋白质谱 , 1 3 2 3 1 3* 蒋 绰 谢力琦 廖日晶 陈付学 吴嘉熙 1 2 ( 上海大学生命科学学院, 上海200444; 复旦大学生物医学研究院, 上海200032; 3 中国科学院上海临床研究中心/徐汇区中心医院, 上海200031) 摘要 甲醛能可逆性地交联蛋白质或DNA分子, 因此被广泛应用于鉴定生物大分子复合物 中的蛋白质或DNA 。一般认为, 甲醛分子小, 可快速进入细胞, 且作为交联剂使用时浓度较高, 因而 能在细胞做出应激反应之前将蛋白质和DNA 交联固定在自然状态下。但高浓度甲醛是否能在交联 固定生物大分子之前改变细胞蛋白质水平, 尚无相关研究。如果属实, 则可能导致相关研究产生假 阳性或假阴性的结果。作者运用蛋白质组学技术分析对比了经过高浓度甲醛和未经甲醛处理过的 Jurkat 细胞的蛋白质谱。结果表明, 高浓度甲醛可导致多个蛋白质水平产生差异。因此, 将甲醛作 为交联试剂使用时, 应考虑设置甲醛处理的样本作为对照, 或者增加实验重复次数, 以避免鉴定到 假阳性或假阴性的蛋白质或DNA 。 关键词 蛋白质组学; 甲醛; 交联; LC-MS/MS Formaldehyde Used as A Technical Crosslinking Tool May Change Cell Protein Patterns 1,3 2 3 1 3* Jiang Chuo , Xie Liqi , Liao Rijing , Chen Fuxue , Wu Jiaxi 1 ( College of Life Sciences, Shanghai University, Shanghai 200444, China; 2Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, Shanghai 200032, China ; 3 Xuhui Central Hospital, Shanghai Clinical Research Center, Chinese Academy Sciences, Shanghai 200031, China ) Abstract Formaldehyde can reversibly crosslink protein-protein or protein-DNA molecules. As a result, it is widely used to study the molecular components of protein-protein or protein-DNA complexes. It is generally