雪卡毒素毒性机理的分子对接及分子动力学研究molecular docking .pdf

2011 年第69 卷 化 学 学 报 Vol. 69, 2011 第17 期, 2026～2030 ACTA CHIMICA SINICA No. 17, 2026～2030 ·研究论文· 雪卡毒素毒性机理的分子对接及分子动力学研究 郑 杰a 赵 斌a 闫鸿鹏a 张 焜 a 张大鹏b 赵肃清*,a a ( 广东工业大学轻工化工学院 广州 510006) (b 广州医学院 广州 510182) 摘要 采用分子对接和分子动力学方法, 研究了雪卡毒素与其毒性作用靶点之一钠通道的结合模式, 并与钠通道阻滞 剂奎尼丁比较. 研究结果表明, 雪卡毒素、奎尼丁与钠通道作用方式有所不同. 分子动力学模拟表明, 对接受体-配体 复合物体系在2.5 ns 的模拟过程中稳定. 奎尼丁在钠通道中央与GLU1784, THR1858 各形成 1 个稳定氢键, 吡啶环与 PHE1791 有疏水相互作用. 雪卡毒素在钠通道外侧与SER1782, GLU1784, LEU1786 以及GLU1788 各形成1 个持续存 在的氢键, 从而激活钠通道产生毒性作用. 关键词 分子对接; 分子动力学; 雪卡毒素; 钠通道; 毒性机制 Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation Studies of Toxicity Mechanism of Ciguatoxin Zheng, Jiea Zhao, Bina Yan, Hongpenga Zhang, Kuna Zhang, Dapengb Zhao, Suqing*,a a ( Faculty of Chemical Engineering and Light Industry, Guangdong University of Technology, Guangzhou 510006) (b Guangzhou Medical University, Guangzhou 510182) Abstract Binding modes between CTX (Ciguatoxin) and sodium channel, which is one of the targets about CTX toxic effects, were simulated through molecular docking and dynamics method, compared with Quinidine. The docking results indicated that CTX and Quinidine shared different binding modes to sodium channel. The ligand-receptor complexes obtained by molecular docking are stable during 2.5 ns