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蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响
32 2 Vol． 32 No． 2
卷卷 期 中 国 生 物 医 学 工 程 学 报
2013 4 Chinese Journal of Biomedical Engineering April 2013
年 月
蛋白质数据库对蛋白质组鉴定的影响
邵 晨 孙 伟*
(中国医学科学院基础医学研究 ， 100005)
所北京协和医学院基础学院 北京
: ， 。
摘 要 在蛋白质组学研究中 通常使用数据库检索算法进行蛋白质的鉴定 使用完整性较高但注释不准确的数
， ， ; ，
据库 可能能够鉴定到更多的蛋白质 但存在数据不准确的风险 使用注释准确但完整性较低的数据库 则有可能
。 。
漏掉一些数据库中未收录的蛋白 如何兼顾蛋白质鉴定结果的完整性和准确性是一个重要的问题 本研究以人
， ， IPI 、UniProt
类蛋白质组为例 采用不同质谱仪及不同样品产生的蛋白质组数据 比较了常用的 数据库 数据库和
Swiss-Prot 。 ，3 ，
数据库的检索结果 结果表明 个数据库在不同的蛋白质组数据中表现各有优劣 但总体来讲差异很
; 、 5% ， 1% ～ 5% 。 3
小 每个数据库可鉴定到的 特有的多肽数不超过总数的 蛋白数的差异为 说明 个数据库都覆盖
， 。 ， 、 Swiss-Prot
了常见的人类蛋白序列 完整性很高 因此 推荐采用通过人工注释 在不断更新中的 数据库作为检索
。 Swiss-Prot ( )
对象 当研究目的为鉴定或定量未收录在 数据库中的蛋白序列 如一些特殊的蛋白异构体或突变体
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