元基因组序列归类方法研究 - shuigeng zhou.pdfVIP

元基因组序列归类方法研究 学生：张瑞昌 学号：12210240046 导师：周水庚教授 2015年5月31 日 目录  研究问题  元基因组归类  相关工作  基于序列相似度与基于组成成分的两类  基 主题模型的元基因组归类算法  LDA做的空间变换  基 深度学习的元基因组归类算法  栈式自动编码机和RBM做的特征学习  总结与展望 研究问题 什么是元基因组？  环境基因组，直接从环境中获得的基因序列 什么是元基因组序列归类？  将元基因组按照物种名进行归类 如何评价归类准确性？  需要已知每条序列的物种名才能算归类的纯 度和准确度 现有方法  基于序列相似度  将序列比对到参考基因组，然后根据比对结果归类  MEGAN Huson et al., BMC Bioinformatics