人3型腺病毒六邻体蛋白同源建模及其进化轨迹分析.pdfVIP

V01．30 高等学校化学学报 No．8 CHEMICAL OFCHINESEUNIVERSITIES 1636—1640 2009年8月 JOURNAL 人3型腺病毒六邻体蛋白同源 建模及其进化轨迹分析 袁晓辉1， 曲章义1，吴晓敏2，王迎晨1，魏凤香1， 张鸿彦1，刘 蕾1，杨志伟2 (1．哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生微生物学教研室，哈尔滨150081； 2．东北林业大学森林植物生态学教育部重点实验室，哈尔滨150040) 摘要用同源建模方法构建了人3型腺病毒六邻体完整的窄问结构，对此结构模型的合理性进行检验，并 通过基于多重序列比对的进化轨迹分析发现，不同型别的人腺病毒六邻体型特异性序列主要存在于六邻体 的塔区上，结合二级结构分析，预测位于六邻体塔区表面的几个环区是型特异性中和表位的所在区域． 关键词同源建模；进化轨迹；中和表位；六邻体 中图分类号0641；1{373．1文献标识码A 文章编号0251-0790(2009)08一1636-05 人腺病毒(Human 病…，其中在我国北方地区尤以由3型与7型引起的上呼吸道感染和小儿肺炎较为严重．六邻 特异性中和表位，能够刺激机体产生型特异性中和抗体【2]，预测这些中和表位对于开发人腺病毒疫苗 和建立快速人腺病毒检测方法∞41都具有重大意义．以往对抗原蛋白未知表位的预测方法都足基于氨 基酸一级序列的，带有一定的盲目性．抗原蛋白分子的三维(3D)空问结构町以提供中和表位必要的信 表明，它们只是六邻体的一个核心保守区，且存在氨基酸缺失与肽链断裂等问题． 本文通过聚合酶链反应(PCR)产物直接测序的方法得到了人3型腺病毒六邻体氨基酸全序列，并 利用同源建模旧’91的方法构建了该型别六邻体蛋白的三维窄间结构，结合基于多重序列比对的进化轨 迹(Evolutiontrace，ET)分析Ho11]，预测出位于六邻体塔区表面的几个环区是该型别腺病毒六邻体型 特异性中和表位的所在区域． 1材料与方法 1．1腺病毒六邻体基因的PCR及测序 1．1．1 1．1．2 7-GAGCTCA7rACAT PCR及测序采用人腺病毒六邻体基因通用测序引物…(上游引物：5’，3 GCA CTGGAGAAG CATCGC GACATGAAG’丌G CG；下游引物：5’，3’一GTC G)，以提取的总DNA为 模板，利用标准PCR反应条件进行PCR扩增．扩增产物直接测序(委托上海生工生物工程有限公司完 成)．其核酸序列在Genbank中的注册号为EU078562． 1．1．3 系统发生学分析六邻体核苷酸序列经推导与人工补齐，得到人3型腺病毒六邻体全序列，命 收稿I：1期：2008-11-06． 重点项目(批准号：ZJY070I)资助． 万方数据万方数据 No．8 袁晓辉等：人3型腺病毒六邻体蛋白同源建模及其进化轨迹分析 1637 加上本研究中的HEX3共24个序列，利用ClustalW1．83程序¨2 sequence o进行多重序列比对(Multiple alignment，MSA)．使用MEGA4．0软件包¨纠中的最大简约法(Maximumparsimony，MP)构建系统发生 树． 1．2 同源建模 valenceforce CVFF(Consistentfield)力场‘15,16]． 型腺病毒六邻体【_”三聚体结构(PDBID：20BE)同源性最高为85％，是同源建模的理想模板．将目标