转录组测序常见问题.PDFVIP

转录组测序常见问题 上海欧易生物 技术支持部 转录组测序常见问题 目 录 1. 什么是转录组测序？ 2 2. 为什么进行转录组研究而不是基因组研究？2 3. 相比与其他公司，欧易生物转录组测序服务的优势是什么？2 4. 转录组测序可以同时检测mRNA 、miRNA 及其他非编码RNA ？2 5. 测序深度和覆盖度是什么意思？3 6. Q20、Q30 所代表的碱基质量含义？3 7. Paired-end 与Single-end 表示什么意思？3 8. 原核生物与真核生物在进行转录组测序文库构建时有什么区别？3 9. 利用HiSeq 进行测序时，一个Lane 能输出多少数据？3 10. 一般动植物进行转录组测序，要测多少数据量，如何估测？3 11. 转录组测序一定要设置生物学重复吗，如果样品间差异不大还需要设置吗？ 4 12. 转录组测序对样品有什么要求吗？样品用量是多少？4 13. 样品该如何收集与处理？4 14. 转录组测序的实验流程？4 15. 关于转录组De novo 分析：你们采用什么软件进行拼接，使用的参数是什么？4 16. 转录组测序什么时候采用De novo 分析测序，什么时候采用Reference 分析策略？4 17. 欧易生物提供的转录组测序报告内容有哪些？4 18. 转录组测序都能做哪些分析，有哪些个性化的分析内容？6 19. 测序原始数据提供的是Raw data 还是Clean data ？6 20. Raw data 如何读取？为什么不提供原始图像数据和中间过程文件？6 21. 转录组测序与表达谱芯片和qPCR array 的区别是什么？6 22. qPCR 定量结果与转录组测序结果不符原因？6 1 转录组测序常见问题 1. 什么是转录组测序？ 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA 的总 和。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面 快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用 于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。 2. 为什么进行转录组研究而不是基因组研究？ 转录组即特定材料在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA 的总和，包括mRNA 和 非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点。应用新一代高通量测序， 能够全面快速地获得某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。更为重要的 是，转录组研究所需要的费用，与基因组研究相比，前者只有后者的几十分之一，因此，进 行全转录组方面的研究比起全基因组方面的研究具有更强的可实施性。尤其针对课题经费不 足，又以没有Reference sequence 物种为研究对象的科研工作者，更是如此。 3. 相比与其他公司，欧易生物转录组测序服务的优势是什么？  专业的技术操作人员：具有十二年建库技术沉淀，具有丰富样本处理和测序实验操作经 验；  强硬的硬件支撑：CLIA 认证实验室，5S 实验规范管理，多套计算集群，保证数据产出 质量和分析速度；  全面的分析内容：具有专业、成熟的生物信息分析团队，熟悉各种分析算法和软件，保 证标准、个性化和售后调整分析的全面支撑，并在分析过程中与客户充分互动；  更高的服务标准: 采取严格的质量标准、多重实验质控和完备的实验记录，确保更高的 成功率、更低的样品损失及实验失败风险，并且客户可以参与整个芯片实验过程，接受 客户监督，更加透明和可信；  完善的后续验证支持: 持续专注于mRNA 的定量检测，为上千位客户提供过相关服务；  优秀的服务理念: 核心团队平均12 年以上技术服务领域工作经验，均具备良好的职业 操守及服务客户理念。 4. 转录组测序可以同时检测mRNA、miRNA 及其他非编码RNA ？ 理论上技术是可行的，但是通常会根据测序对象长度的不同，在测序建库的时候会选择 不同的片段大小，测序读长也会有不同。一般来讲，如果要进行 microRNA 测序的话，通