采用RDP数据库进行芽孢杆菌菌种鉴定.docVIP

试验报告[芽孢杆菌-2010-08-14] 第 PAGE \* MERGEFORMAT 9页，共9页编号：农业微生物研究中心[芽孢杆菌, 共 NUMPAGES \* Arabic \* MERGEFORMAT 9页承担单位：福建省农科院农业生物资源研究所试验设计：刘国红试验项目：采用RDP数据库进行芽孢杆菌菌种鉴定试验人员：王子旋、刘国红试验负责：林营志报告日期：2010-08-30计数月份：2010年08月研究资格系数(0.5-1.0)实验设计系数（0.9-1.0）报告得分总分实验设计实验记载实验分析实验简报实验文章1-20%21-40%41-60%61-80%81-100%1%-5%设计不足，实施错误6%-10%设计不全，实验无果11%-15%设计可以，实施不全16%-20%设计完整，分布实施21%-25%实验不全，记载无果26%-30%实验不足，记载不全31%-35%独立实验，记载不全36%-40%分布实验，记载完整41%-45%目的明确，实验完成46%-50%实验完整，记载清晰51%-55%实验系统，结果可信56%-60%实验创新，分析清晰61%-65%实验创新，结论清晰66%-70%实验完整，统计清晰71%-75%实验系统，数据可靠76%-80%报告完整，文章雏形81%-85%结构合理，分析有据86%-90%逻辑清晰，统计合理91%-95%图表完整，写作流畅96%-100%文献完整，发表水平福建省农业科学院农业生物资源研究所农业微生物研究中心电话: 0591 传真: 0591HYPERLINK / fjat HYPERLINK / .试验目的RDB核糖体数据库项目位于HYPERLINK //，位于密执安州立大学的微生物生态学中心，向科学界提供核糖体相关数据和服务，包括在线数据分析、构建rRNA进化树和进行rRNA序列比对等。该项目由美国国家科学基金会、美国能源部和密执安州立大学发起支持于1989年开始，到2010年已升级到版本10。截止2010年08月14日，数据库容量达到了1,379,424条。RDP数据库项目包括myRDP, Hierarchy Browser, Sequence Cart, Tree Builder, Sequence Match, Probe Match, Classifier等。myRDP提供创建帐户、上传文件、筛选RDP序列、融合比较、数据下载和数据共享服务；Hierarchy Browser提供分类树浏览、序列选择、搜索和高级搜索、数据下载服务；Sequence Cart保存用户的序列选定情况，相当于购物车；Tree Builder提供进化树构建功能，可采用私有数据和公用数据；Sequence Match提供序列比对功能；Probe Match提供探针比对功能；Classifier提供物种分类功能，包括序列上传、调整显示深度和可信度等。本报告主要介绍使用RDP进行芽孢杆菌种类鉴定的使用方法步骤。方法步骤以本实验室测定的一株芽孢杆菌16S序列为样本进行说明RDP的使用步骤。样本我们以一段芽孢杆菌的16S序列为例说明如何使用该系统。样本序列如下：1 TACGACTCGT CCTCGGTTCC CGGCGATCCT CTGGAGATTA CGGCTACCTT GTTACGACTT61 CACCCCAATC ATCTGTCCCA CCTTCGGCGG CTGGCTCCAA AAGGTTACCT CACCGACTTC121 GGGTGTTACA AACTCTCGTG GTGTGACGGG CGGTGTGTAC AAGACCCGGG AACGTATTCA181 CCGCGGCATG CTGATCCGCG ATTACTAGCG ATTCCGGCTT CATGTAGGCG AGTTGCAGCC241 TACAATCCGA ACTGAGAATG GTTTTATGGG ATTGGCTTAA CCTCGCGGTT TTGCAGCCCT301 TTGTACCATC CATTGTAGCA CGTGTGTAGC CCAGGTCATA AGGGGCATGA TGATTTGACG361 TCATCCCCAC CTTCCTCCGG TTTGTCACCG GCAGTCACCT TAGAGTGCCC AACTGAATGC421 TGGCAACTAA GATCAAGGGT TGCGCTCGTT GCGGGACTTA ACCCAACATC TCACGACACG481 AGCTGACGAC AACCATGCAC CACCTGTCAC TCTGTCCCCG AAGGGAACCT TCTATCTCTA541