基于系统基因组学分析揭示早期陆生植物的复杂网状进化关系.PDFVIP

生物多样性 2017, 25 (6): 675–682 doi: 10.17520/biods.2017042 Biodiversity Science •研究报告• 基于系统基因组学分析揭示早期 陆生植物的复杂网状进化关系 1,2 1,2 2 1 1,4 2,3,4* 舒江平 刘 莉 沈 慧 戴锡玲 王全喜 严岳鸿 1 (上海师范大学生命与环境科学学院, 上海 200234) 2 (上海辰山植物园, 中国科学院上海辰山植物科学研究中心, 上海 201602) 3 ( 国家林业局华东野生濒危资源植物保育中心, 上海 201602) 4 (上海市资源植物功能基因组学重点实验室, 上海 201602) 摘要: 植物由水生走向陆生的进化过程中经历了非常复杂的演化, 期间产生的大量基因的进化路线可能互不相 同, 因此仅仅使用系统发育树无法呈现真实的演化关系。系统发育网络图能够清楚地展示包括垂直演化和水平演 化在内的复杂网状进化关系。本文选取莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)和4种陆生植物, 利用系统基因组学的 方法, 筛选得到1,668个一对一直系同源基因, 重新构建了陆生植物的系统发育网状进化关系。结果发现, 使用不 同的分析策略所得到的系统发育树不同; 对1,668个基因单独分析, 发现存在15种不同的拓扑结构; 对5个物种筛 选得到的直系同源基因进行系统发育网络分析显示, 在非常稳健的系统发育网络图中, 仅仅5个物种就存在9个不 同的分离支, 暗示着非常复杂的网状进化关系; 而且藻类植物与苔藓植物和石松类植物的分离支之间差异很小, 这可能是产生系统发育树冲突的原因之一, 也暗示着早期陆生植物发生了复杂的辐射演化。 关键词: 网状进化; 基因树冲突; 系统发育基因组学; 陆生植物演化; 转录组从头测序 The complex reticulate evolutionary relationships of early terrestrial plants as revealed by phylogenomics analysis 1,2 1,2 2 1 1,4 2,3,4* Jiangping Shu , Li Liu , Hui Shen , Xiling Dai , Quanxi Wang , Yuehong Yan 1 College of Life and Environmental Sciences, Shanghai Normal University, Shanghai 200234 2 Shanghai Chenshan Plant Science Research Center, Chinese Academy of Sciences; Shanghai Chenshan Botanical Garden, Shanghai 201602 3 East China Wild Endangered Resources Plant Conservation Center, State Forestry Administration, Shanghai 201602 4 Shanghai Key Laboratory of Plant Functional Genomics and Resources, Shanghai 201602 Abstract : Plants from aquatic to terrestrial ec