化学名称与结构转换工具.PDF

在各种类型的科学文献中，如专利、期刊文献、企业内部文档中，储存着巨大的化学信息。新药相 关的知识产权和竞争性信息对于制药企业十分关键。然而专利和期刊文献等文档的分析是十分繁重 的工作。数不清的化合物示例和生测数据分散在文献各个部分，即使对于经验丰富的科学家来说， 从中提取有价值的信息也是十分耗时的。高效的化学信息挖掘工具可以使这项工作变得十分简单。 ChemAxon开发了一系列工具用于化学信息挖掘，Naming(化学结构与名称相互转化)技术可以帮助 用户快速的进行化学名称与结构的转换；结合光学字符识别（Optical Character Recognition ）与 光学化学结构识别（Optical Structure Recognition ）技术，提取图片、PDF等多种格式文档中的 化学结构，检索文档中的化学信息。 化学名称与结构转换工具 Name to Structure(N2S) ：将化学名称转换成化学结构 Structure to Name(S2N) ：将化学结构转换成化学名称 文档化学结构提取工具 Document to Structure(D2S) ：批量提取文档中的化学结构 ChemCurator ：单个文档的化合物结构及相关数据提取，特别适用于专利Markush结构分析 文档化学信息检索工具 ChemLocator ：快速包含特定化学结构的文档 2017 © CloudScientific All Rights Reserved Name to Structure (N2S) Name to Structure可以将各种化合物名称或者标识符转 化为化学结构： — IUPAC名称（英文、中文和日文） — 系统名称 — 通用名 — 商品名 — CAS名称 — CAS 注册号 用户自定义字典 公司或者实验室内部通常会按照自定义的规则给化合物编 号，Naming可以帮助用户实现内部的化合物编号转化成 化学结构。用户通过自定义字典，把化合物的SMILES和自 定义编号保存在一个本地文件中，Naming可以参考这些 信息进行名称与结构的相互转化。 Structure to Name (S2N) Structure to Name帮助用户将化学结构生成IUPAC命名或者传统名称，或者通过网络服务来生成CAS注册编号。也可以支持自由 基、天然产物以及肽链的命名。 2017 © CloudScientific All Rights Reserved Document to Structure 利用ChenAxon的Naming （化学结构与名称相互转化） 技术，Document to Structure (D2S) 可以自动化的处 理多种格式的文档，批量地提取化学信息。 化学信息识别 应用OCR及OSR技术从图片、扫描版PDF等不可编辑的文档中提取化学结构，支持CLiDE, OSRA和Imago第三方OSR工具。 利用Naming 技术将文档中的化学信息转换成化学结构。 精准的化学信息定位 具有化学意义的文档（例如化学专利）可能有几百页的长度。研发人员如果想要在文档中找到某个特定的化合物，要花费很长的 时间，尤其是这个化学结构是以文本的格式存在。通过D2S ，文档中提取出来的每个化学结构都和它对应的位置信息以及原始的 化学信息（IUPAC名称，图片，SMILES等）一起提取出来。这可以为研发人员阅读化学专利节约数小时的时间。 灵活的使用配置 D2S可以作为单独的工具使用。文档可以直接用MarvinView打开，提取的结果将在一个扁平表格中显示出来。如处理多个文 档，可以通过命令行来运行D2S。D2S同时也整合到了ChemAxon的数据库管理工具Instant JChem和JChem for Office （在 Instant JChem和JChem for Office中使用D2S需要额外的授权）。文档可以在这些工具中直接打开，D2S处理的结果可以作 为数据表导入。D2S也可以作为ChemAxon组件包中的一部分在工作流工具中使用，如Pipeline Pilot和KNIME。跟 ChemAxon的很多工具一样，D2S也可以通过命令行来进行批量处理，也可