r-2-卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究.pdf

生物技术通报 · · BIOTECHNOLOGY B ULLETIN 20 11 10 研究报告 年第 期 R 2 - -卤代酸脱卤酶的同源模建及底物对映体选择性研究 林春娇 杨立荣 徐刚 吴坚平 ( ， 310027 ) 浙江大学化学工程与生物工程学系 杭州 : ZJU26 R-2- (DehI-R) ， ， 摘 要 对来自假单胞菌 中的 卤代酸脱卤酶 进行同源模建 分析其与底物的相互作用 为解析酶的 底物对映体选择性提供理论依据。 Sybyl APM R-2- ， Procheck 采用 中的 模块首次构建并优化了 卤代酸脱卤酶的三维结构 并用 。 Surflex-Docking ， 。 验证结构模型的合理性 使用 模块将结构模型与底物分别进行对接 分析相互之间的作用 序列比对结果显 ，R-2- PP3 DehI 23. 71% 。Deh-R 。 示 卤代酸脱卤酶与恶臭假单胞菌 中 的相似性达 模建后的结构与模板很好的吻合 模型比对分 析DehI-R ， Asn203 。 ，R-2- S-2- 中参与催化的残基 除 外大部分都比较保守 分子对接结果表明 氯丙酸和 氯丙酸都可以结合到活 ， Asn203 ， RS-2- Ala， ，Asn ， 性位点上 决定其选择性的是位点 在 卤代酸脱卤酶所对应位点的残基为 相比之下 具备较大的空间位阻 S-2- 。 Sybyl Biopolymer R-2- Asn203 从而阻止了 氯丙酸的反应 利用 中的 模块对 卤代酸脱卤酶中的 突变成具有不同空间位阻的 Ala 、Gly 和Gln 。突变酶与底物对接结果进一步证实了Asn203 位点对R-2-卤代酸脱卤酶的底物对映体选择性作用。 关键词: R-2-卤代酸脱卤酶 同源模建 分子对接 假单胞菌ZJU26 对映体选择性 Homology Modeling and Su