猪胸膜肺炎放线杆菌转铁结合蛋白基因(tbpb )分析及建模.pdfVIP

8 1 V o l8 N o1 2 0 1 0 3 Ch ina Journa l o f B io inform at ics M ar. , 20 10 ( TbpB ) 1 2 3 1 1 1 1* , , , , , , ( 1. , 453003 2. , 453003 3. , 430070) : 为了深入研究猪胸膜肺炎放线杆菌(A ctinobacillus p leuropneum onie, A pp) 转铁结合蛋白基因( T ran sferr in B inding P ro teins, Tbp ) 的生物学特性, 采用生物 息学方法, 对G enB ank 中的 5 株 A pp的 TbpB 的核酸及其氨基酸序列进行比对, 选取其中的中 国湖北分离株( JL 03) 对其分子结构理化性质及功能域蛋白质二级和三级结构等重要参数进行了预测和分析, 并在三级结 构的基础上进行了同源建模结果表明, 不同A PP 菌株之间核酸序列相似性较大, 而氨基酸序列存在较大差异, 二级结构以 延伸链和随机卷曲为主要构件, 其空间结构与脑膜炎双球菌 GNA 1870 蛋白相似性较高, 以此为模板成功构建了三维结构分子 模型, 为T bpB 基因功能的深入研究提供了线索和参考依据 : 猪胸膜肺炎放线杆菌 TbpB 基因 同源建模 : Q 811. 4 62H 30 92BO5 : A : 1672 - 5565 ( 2010) - 0 1- 047 - 05 A B ioinform atic Analysis and H om ology m odeling on App Tbp B 1 2 3 1 1 1 1* L I R en-feng , T IAN X iang-qin , HE Q i-ga i, HU J ian-he , ZHAO Pu , L I Xu e-bin , WANG San-hu (1. Veterinary M edicine College,H enan Institute of Science and Tec nology, X inx iang 453003, C ina; 2.M edicine R esearc Center, X inx iangM edical Colleg e, X inxiang 453003, C ina; 3. D iv ision of Animal Inf ectiousD isease, NationalK ey Laboratory of Ag riculturalM icrobiology, H uaz ong Agricultural University, Wu an 430070, C ina) A bstrac t: To lu cubrate b ionom ics o f A pp TbpB, f ive APP strains w ere se lected from G enB ank, ana lyzed and predicted by the too ls o f b io info rm atics in the fo llow ing asp ects: the com position and alignm ent of nu cle i