已发表文章中水虻科系统发育关系 - darwintree.pptVIP

DarwinTree应用实例分析 利用Bayesian算法重建昆虫纲双翅目水虻科系统发育树 汇报人：董慧 深圳市仙湖植物园 2010年5月15日 背景 内容 以MPE中已发表文章中相同数据为基础，比较国际公认的分子系统发育关系与DarwinTree构建的系统发育关系 目的 如何利用DarwinTree分析非陆地植物类群数据 验证DarwinTree利用NCBI数据流程化构树的有效性 外群：水虻总科木虻科Xylomyidae 1taxa 类群：水虻总科水虻科Stratiomyidae 68taxa 序列名称：elongation factor-1 alpha gene 28S ribosomal RNA gene 构树方法：Baysian Inference (BI) 分析内容－联合基因建树 数据汇集- 数据定制功能 序列格式处理-手动 多序列比对-Clustal X 序列手工校对-BioEdit 模型评估：在参数设置中预设 构建系统树：MrBayes 数据汇集-自测 序列格式处理-手动 多序列比对-Sequencer 序列手工校对-MacClade 4.0 模型评估：ModleTest 3.7 构建系统树：MrBayes-3.1.2 已发表文章分析方法与DarwinTree构树流程比较 Negative Positive DarwinTree 已发表文章 DarwinTree 已发表文章/NCBI 数据定制功能Data Subscription 自测/NCBI搜索下载 数据汇集 检索结果与NCBI检索结果完全一致，而且存储更为方便 Conclusion 数据处理 序列描述字段修改 利用数据定制功能下载FASTA格式： gi|148808075|gb|DQ168766.2| Nemotelus nigrinus voucher CB0318 28S ribosomal RNA gene, partial sequence DarwinTree自测数据分析要求格式： Nemotelus_nigrinusCB0318 与利用DarwinTree分子库中已有数据建树相比，利用私有数据在平台分析需要进行大量的格式处理。 Conclusion DarwinTree 已发表文章 多序列比对-Clustal X 序列手工校对-BioEdit EF1a：1060bp 28S: 2243bp 删除454bp 多序列比对-Sequencer 序列手工校对-MacClade 4.0 EF1a: 1058bp 28S: 2195bp 删除246bp高变区 序列比对 用自测数据在DarwinTree进行联合基因建树，需要对不同基因分别比对再手动联合 Conclusion 用Bayesian方法构建系统关系 CI CI ST R CI CI S PA A CI CI ST R CI CI S PA A 亚科具有较好的单系性 Conclusion 已发表文章中水虻科系统发育关系 相同分子数据 形态数据 已发表文章中水虻科系统发育关系 相同分子数据 形态数据 亚科间系统发育关系出现差异 Conclusion 建议 是否增加私有数据联合基因建树功能？ 数据定制部分是否增加以不同描述形式来保存序列？（类似于MEGA） 是否利用jModelTest软件增加模型评估功能（该软件不需要和PAUP一起使用） 系统树自动构建系统树的有效性？（部分基因自动比对效果不佳） Thank You！ * * * *