平行运算应用於SOM 神经网路：以生物群聚分析为例.PDF

平行運算應用於 SOM神經網路：以生物群聚分析為例 1 2 3 4 蔡維仁 陳彥璋 許逸揚 謝昆霖 123 國立台東大學資訊管理學系 4 國立台東大學資訊管理學系暨電子計算機中心 1 siaoming.tsai@ 2 joke12@ 3 renovartio@ 4 klhsieh@.tw 摘要 近年來，由於多重處理器架構以及叢集式電腦架構的提出，平行式運算也越來越受到產官學研的重 視，隨著多核心的處理器逐漸普及，站在資源充分利用的角度，如何有效利用這些額外的運算資源便成 為一值得省思的問題。在本研究中，我們利用一具多重處理器特性之混合式叢集電腦架構搭配 MPI 函式 庫來達成平行運算的目的，每個節點配置兩個邏輯處理器，並利用電腦教室的環境搭配各種不同的測試 狀況來探討電腦教室中實施平行運算的可行性。其中，我們測試了包括 NAT環境、開放式網路環境以及 完全阻絕廣域網路三種不同架構的測試，在NAT 之下我們架設一獨立之子網路，透過 NAT Gateway 對 廣域網路連結，此為一常見的狀況。而在開放式架構下叢集電腦子網路並沒有和廣域網路有明顯的區隔， 由此可以測試在校園內不同組織部門間叢集電腦系統的效率。最後也安排一完全阻絕對外連結之網路架 構，以測試 Noise 對叢集電腦效能之影響，最後，我們以一個生物群聚分析個案為例，利用類神經網路之 自組織映射圖為基礎，藉以驗證叢集架構統整資源達成群聚分析之可行性與合理性。 關鍵詞 ：叢集運算、群聚分析、MPI 、自組織映射圖網路。 1.前言 根據前述的動機，我們將置重點於發展可達成 1.1動機 群聚分析 (Clustering Technology)的叢集式電腦應用 架構，並以現階段在產官學研中最為廣泛應用的智 目前，為執行一些龐大運算需求的應用如進行 慧型群聚技術 -類神經網路之自組織映設圖網路 生物DNA 序列的物種群聚分析（Clustering (Self-Organizing Map ，簡稱SOM)為主要的實踐對 analysis ）（Jeng et al., 2005 ）或是利用電腦設備進行 象 (Kohonen 1984; Kohonen 1982; 葉怡成， 2003) ， 即時性的資料挖掘群集應用（ Data mining ）等相關 透過實驗性的網路環境建置叢集式電腦的架構來 工作吳旭智、賴淑貞，( 2001) ，在建構系統時大多 實現線上群聚分析的功能，並且也透過要所規劃的 實驗網路架構（封閉型或是開放型的網路環境搭配 傾向於購置昂貴的大型主機或是工作站來完成這 不同數量的叢集電腦數）來進行各項系統效率或校 些工作，不僅耗費大量的金錢，也浪費許多現有的 資源。而現今大學的實驗室或電腦教室之中有著許 能的比較與評析。 多的計算資源，包括像是電腦、工作站以及各類伺 服器等，而這些設備並不是全天候保持著全速運作