朱丽君_protein_PDB_应用解析.PPT

* * 蛋白数据库应用解析 内容 1：蛋白数据库 2：免疫学数据库 （结合本周教学主题） 方式 网络在线操作演示为主 蛋白质数据库 序列数据库 模体及结构域数据库 结构数据库 分类数据库 PIR（protein information resource） SWISS-PROT TrEMBL 序列数据库 UNIPROT（Universal Protein Resource） 结构数据库 PDB（Protein Data Bank） 蛋白结构显示软件 PyMol RasMol VMD Cn3D PyMOL-created Journal Covers 蛋白结构显示软件PyMol Pymol 软件演示 NCBI为人类主要组织相容性复合物相关的DNA和临床数据创建的一个开放平台 /mhc dbHMC 收录CD8+和CD4+ T细胞的HCV抗原表位，蛋白组表位图谱 /content/immuno/immuno-main.html HCV immunology 收录HIV细胞毒性T细胞表位、辅助性T细胞表位和抗体结合位点，提供了表位比对、基序检索、序列定位等免疫信息学工具 /content/index HIV databases 收录了来自人类和其他物种MHC-I类和II类配体的序列和基序 http://www.syfpeithi.de/ SYFPEITHI 包含较完整的免疫学相关蛋白的基本信息和分类及不同物种的MHC, IG, TCR以及其他免疫相关分子序列 / KABAT 一个高质量的关于免疫球蛋白、T细胞受体、主要的组织相容性复合体以及人类和 哺乳动物免疫系统相关的综合数据库，可免费检索 http://imgt.cines.fr/ IMGT 说明 网址 数据库 免疫信息学数据库 杂交瘤数据库 /common/catalog/cellBiology/hdb.cfm HDB 收录了CD40配体缺陷引起X染色体连锁高IgM综合征得临床与分子数据 /cd40lbase/ CD40Lbase 肿瘤免疫组数据库 /CancerImmunomeDB/ CID 收录导致IgE超敏反应的植物性食物变应原及其生化与临床信息 http://www.ifrn.bbsrc.ac.uk/protall Protall 过敏原数据库 .uk/ Allergen 提供了肽段匹配工具，可筛检蛋白质中是否含有已知变应原的IgE表位，能迅速确定变应原之间的交叉反应性 /SDAP/ SDAP 收录能引起体液免疫应答的B细胞表位，有助于B细胞表位预测方法的开发、合成肽疫苗设计和疾病的诊断 http://www.imtech.res.in/raghava/bcipep/ Bcipep 含T细胞表位、B细胞表位、TCR-MHC相互作用以及MHC和TAP配体定量结合数据的关系型数据库，数据来源于已发表的结果 http://www.jenner.ac.uk/AntiJen AntiJen 说明 网址 数据库