蛋白质蛋白质分子对接方法研究进展.pdfVIP

生物化学与生物物理进展尸蛔gress讯B幻ckm括啊n砌曰却^拶b，2006，33(7)：616“21 www．pibb．ac．cn P1日钌 蛋白质一蛋白质分子对接方法研究进展枣 李春华马晓慧 陈慰祖王存新” (北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京100022) 摘要蛋白质分子问相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点．分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟 手段．通常，蛋白质一蛋白质分子对接包括四个阶段：搜索受体与配体分子间的结合模式，过滤对接结构以排除不合理的结 合模式，优化结构，用精细的打分函数评价、排序对接模式并挑选近天然构象．结合国内外研究蛋白质一蛋白质分子对接方 法进展和本研究小组的工作，对以上四个环节做了详细的综述．另外，还分析了目前存在的主要问题，并提出对未来工作的 展望． 关键词蛋白质．蛋白质分子对接，过滤，打分函数，分子柔性 学科分类号0617 蛋白质分子间相互作用与识另0是21世纪生命 自由态分子对接(unboullddocbng)，顾名思义，这 科学研究的前沿和熟点．细胞内各种重要的生理过 种对接起始于复合物形成前的两个分子的单体结 程，如基因的复制、转录、翻译以及细胞周期调 构，即自由态(unbo吼d)结构：第三种，同源分子 控、信号转导、免疫反应等，都是以蛋白质分子间 对接(homolog)rdocking)，通常，已知一个分子的 相互作用为纽带进行的．随着计算机处理能力的不 三维结构以及另一个分子的一级序列和与其同源的 断增强，理论模拟方法得到迅速发展和广泛的应 分子结构，需要先模建后一分子的结构，然后才能 用．采用分子对接方法研究蛋白质分子间相互作用 进行对接．显然，以上三种分子对接类型的困难程 与识别，进而预测复合物结构，已成为研究该问题 度是依次增加的．在复合态分子对接中，因不需要 的有力的计算机模拟手段，并可为实验工作提供有 考虑分子的柔性，结构预测相对容易．但在实际复 益的理论指导． 合物形成中，受体和配体分子的构象是要发生变化 为推动分子对接方法的发展，欧洲生物信息学 的，因此，模拟真实情况中分子结合的自由态对接 Assessmentof 中心举办了 CAPRI(Critical 就要困难得多．而同源分子对接，由于一个分子结 Prediction ofIntemctions)蛋白质．蛋白质复合物结构的不确定性，就更加具有挑战性． 构预测竞赛【”．自2001年开始，迄今已成功进行了 一般情况下，分子对接包括四个阶段：a．搜索 9届国际对接竞赛，大大促进了分子对接方法学的 受体与配体分子的结合模式；b．利用生物学信息或 研究㈣．目前，一些新的分子对接算法相继推 简单的分子表面几何互补性等评价标准过滤排除不 出M，并取得了一系列成功的预测范例∞】．2002合理的结构；c．对获得的结构进行能量优化，允许 年，我们小组作为中国的唯一代表参加了第2届 氨基酸残基侧链和骨架的运动；d。用精细的打分函 CAPRJ竞赛，并取得了较好的成缵8]，之后连续参数评价、排序对接模式并挑选近天然构象．下面， 加了7届【9】． 结合国内外研究蛋白质．蛋白质分子对接方法的进 所谓分子对接就是已知两个分子的三维结构， 展情况和本小组的工作，对以上四个环节做详细的 考察它们之间是否可以结合，并预测复合物的结合 模式．根据对接中两分子所处的状态，可将分子对 接分为三种类型：第一种，复合态分子对接(bound dockin曲，对接中两分子均直接取自复合物晶体结 E蚰ail：cxwa堍@bjut．edu．cn 构中的相应部分，即复合态(bound)结构；第二种， 万方数据 收稿日期：2006一0