GITRL基因SNP rs2236876分型方法的比较.PDF

第２５卷第４期 江 苏 大 学 学 报（医学 版） Ｖｏｌ．２５ Ｎｏ．４ 　 ２０１５年７月 　 ＪｏｕｒｎａｌｏｆＪｉａｎｇｓｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＭｅｄｉｃｉｎｅＥｄｉｔｉｏｎ） Ｊｕｌ．２０１５ 　 　 　 　 　 　 ＧＩＴＲＬ基因ＳＮＰｒｓ２２３６８７６分型方法的比较 吴晶晶，仝佳，陈娟，袁靖，田洁，汤新逸，王胜军 （江苏大学医学院检验医学研究所，江苏 镇江２１２０１３） ［摘要］　目的：对３种单核苷酸多态（ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ＳＮＰ）分型方法进行比较，选择准确有效的ＳＮＰ 分型方法对ＧＩＴＲＬＳＮＰｒｓ２２３６８７６Ａ／Ｇ进行基因分型。方法：采用ＴａｑｍａｎＭＧＢ探针法，限制性片段长度多态性聚合 酶链式反应（ｃｌｅａｖｅｄａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇｇｅｄｓｉｔｅｓ，ＰＣＲＲＦＬＰ）法和直接测序法对 ＧＩＴＲＬＳＮＰ ｒｓ２２３６８７６Ａ／Ｇ进行分型并比较。结果：ＰＣＲＲＬＦＰ法分型结果直接通过电泳图可见，适合少量的实验对象；Ｔａｑｍａｎ ＭＧＢ探针法通过不同的荧光区分不同的基因型，适合大量的实验对象；直接测序法交由测序公司测定，样本数量浮动 范围较大，费用较高。结论：ＴａｑｍａｎＭＧＢ探针法适用于ＧＩＴＲＬ基因ｒｓ２２３６８７６Ａ／Ｇ基因分型，ＰＣＲＲＦＬＰ法适用于基 因分型结果的验证，直接测序法适用于鉴定有争议的ＰＣＲＲＦＬＰ法的验证结果。 ［关键词］　ＴａｑｍａｎＭＧＢ探针；单核苷酸多态分型；ＰＣＲＲＦＬＰ；ＧＩＴＲＬ ［中图分类号］　Ｒ３９３　　［文献标志码］　Ａ　　［文章编号］　１６７１－７７８３（２０１５）０４－０３０８－０３ ＤＯＩ：１０．１３３１２／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７１７７８３．ｙ１３０１２０ ＣｏｍｐａｒｉｓｏｎｏｆｍｅｔｈｏｄｆｏｒＧＩＴＲＬＳＮＰｒｓ２２３６８７６ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ ＷＵＪｉｎｇｊｉｎｇ，ＴＯＮＧＪｉａ，ＣＨＥＮＪｕａｎ，ＹＵＡＮＪｉｎｇ，ＴＩＡＮＪｉｅ，ＴＡＮＧＸｉｎｙｉ，ＷＡＮＧＳｈｅｎｇｊｕｎ （ＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＳｃｈｏｏｌｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＪｉａｎｇｓｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＺｈｅｎｊｉａｎｇＪｉａｎｇｓｕ２１２０１３，Ｃｈｉｎａ） ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］　Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ：Ｃｏｍｐａｒｉｎｇｔｈｒｅｅｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（ＳＮＰ）ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇｍｅｔｈｏｄｓ，ｔｏ ｃｈｏｏｓｅａｎａｃｃｕｒａｔｅａｎｄｅｆｆｅｃｔｉｖｅＳＮＰｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇｍｅｔｈｏｄｆｏｒｒｓ２２３６８７６Ａ／ＧｏｆＧＩＴＲＬｇｅｎｅ．Ｍｅｔｈｏｄｓ：ＳＮＰ ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇｆｏｒｒｓ２２３６８７６Ａ／ＧｏｆＧＩＴＲＬｗｅｒｅｐｅｒｆｏｒｍｅｄａｎｄｃｏｍｐａｒｅｄｂｙＴａｑｍａｎＭＧＢｐｒｏｂｅ，ｔｈｅＰＣＲ ＲＬＦＰａｎｄｄｉｒｅｃｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｒｅｓｕｌｔｓ：ＰＣＲＲＬＦＰｓｈｏｗｅｄｔｈｅｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇｒｅｓｕｌｔｂｙｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，ｗｈｉｃｈ ｗａｓｓｕｉｔａｂｌｅｆｏｒａｓｍａｌｌｎｕｍｂｅｒｏｆｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｓｕｂｊｅｃｔｓ．ＴａｑｍａｎＭＧＢｐｒｏｂｅｓｈｏｗｅｄｔｈｅｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇｒｅｓｕｌｔ ｂｙｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ，ｗｈｉｃｈｗａｓｓｕｉｔａｂｌｅｆｏｒａｌａｒｇｅｎｕｍｂｅｒｏｆｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｓｕｂｊｅｃｔｓ．Ｄｉｒｅｃｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｍｅｔｈｏｄ ｗａｓｏｐｅｒａｔｅｄｂｙｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｃｏｍｐａｎｙｗｈｉｃｈｗａｓｅｘｐｅｎｓｉｖｅ．Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ：Ｆｏｒｒｓ２２３６８７６Ａ／ＧｏｆＧＩＴＲＬ ｇｅｎｅ，ＴａｑｍａｎＭＧＢｐｒｏｂｅｍｅｔｈｏｄｃｏｕｌｄｂｅｃｈｏｓｅｎｆｏｒ