大规模带状线性方程组的分层混合并行求解算法 - 计算机应用与软件.pdf

第３０卷第１２期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３０Ｎｏ．１２ ２０１３年１２月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｄｅｃ．２０１３ 大规模带状线性方程组的分层混合并行求解算法 １ １，２ １ １ １ 徐　磊 　郑汉垣 　刘智翔 　宋安平 　张　武 １（上海大学计算机工程与科学学院　上海２０００７２） ２（龙岩学院计算机系　福建龙岩３６４０００） 摘　要　　并行计算过程中，全局通信往往会成为影响算法可扩展性的关键因素。因此，针对大规模带状线性方程组，提出基于 ＭＰＩ／ＯｐｅｎＭＰ多粒度混合编程模型的分层并行算法，将全局通信转化为多次局部通信，解决了全局通信所带来的瓶颈问题，提高了 大规模带状线性方程组并行求解算法的可扩展性。 关键词　　大规模带状线性方程组　分层算法　ＭＰＩ　ＯｐｅｎＭＰ　局部通信 中图分类号　ＴＰ３０１．６　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１３．１２．０３２ ＨＩＥＲＡＲＣＨＩＣＡＬＨＹＢＲＩＤＰＡＲＡＬＬＥＬＳＯＬＵＴＩＯＮ ＯＦＬＡＲＧＥＢＡＮＤＥＤＬＩＮＥＡＲＳＹＳＴＥＭ １ １，２ １ １ １ ＸｕＬｅｉ　ＺｈｅｎｇＨａｎｙｕａｎ 　ＬｉｕＺｈｉｘｉａｎｇ　ＳｏｎｇＡｎｐｉｎｇ　ＺｈａｎｇＷｕ １（ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇａｎｄＳｃｉｅｎｃｅ，ＳｈａｎｇｈａｉＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２０００７２，Ｃｈｉｎａ） ２（ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒ，ＬｏｎｇｙａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｌｏｎｇｙａｎ３６４０００，Ｆｕｊｉａｎ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ｇｌｏｂａｌｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｅｎｐｌａｙｓａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｉｎｔｈｅａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｃａｌａｂｉｌｉｔｙｉｎｐａｒａｌｌｅｌｃｏｍｐｕｔｉｎｇ．Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｓｏｌｖｅｔｈｅｌａｒｇｅ ｂａｎｄｅｄｌｉｎｅａｒｓｙｓｔｅｍ，ｗｅｐｒｏｐｏｓｅａｈｉｅｒａｒｃｈｉｃａｌｐａｒａｌｌｅｌａｌｇｏｒｉｔｈｍｗｈｉｃｈｉｓｂａｓｅｄｏｎｍｕｌｔｉｇｒａｎｕｌａｒｉｔｙＭＰＩ／ＯｐｅｎＭＰｈｙｂｒｉｄｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ ｍｏｄｅｌ．Ｉｎｔｈｉｓａｌｇｏｒｉｔｈｍ，ｗｅｃｏｎｖｅｒｔｔｈｅｇｌｏｂａｌｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｉｎｔｏｍｕｌｔｉｐｌｅｌｏｃａｌｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ，ｔｈｉｓｅｌｉｍｉｎａｔｅｓｔｈｅｂｏｔｔｌｅｎｅｃｋｐｒｏｂｌｅｍ ｃａｕｓｅｄｂｙｔｈｅｇｌｏｂａｌｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎａｎｄｉｍｐｒｏｖｅｓｔｈｅｓｃａｌａｂｉｌｉｔｙｏｆｐａｒａｌｌｅｌｓｏｌｕｔｉｏｎｏｆｔｈｅｌａｒｇｅｂａｎｄｅｄｌｉｎｅａｒｓｙｓｔｅｍ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　Ｌａｒｇｅｂａｎｄｅｄｌｉｎｅａｒｓｙｓｔｅｍ　Ｈｉｅｒａｒｃｈｉｃａｌａｌｇｏｒｉｔｈｍ　ＭＰＩ　ＯｐｅｎＭＰ　Ｌｏｃａｌｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ 程，在充分利用 ＭＰＩ良好的并行性和可移植性前提下，通过 ０　引　言 ＯｐｅｎＭＰ技术尽可能地提升多核性能，以达到充分利用现有资 源的优势。 近年来，现代科学技术的发展导致许多科学和工程计算领 集群系统计算环境中的大规模带状线性方程组并行求解问 域［１－４］（比如航空航天、石油勘探、生命信息科学等）的许多问 题，仍然缺少高可扩展的并行计算方法，全局通