杜仲转录组微卫星特征分析及机理探究.PDFVIP

第34 卷 第4 期 经 济 林 研 究 Vol. 34 No.4 2016 年12 月 Nonwood Forest Research Dec. 2016 Doi:10.14067/ki.1003-8981.2016.04.008 http: // 杜仲转录组微卫星特征分析 1a 1b 1b 2 申响保 ，闫文德 ，梁小翠 ，孙志强 （1. 中南林业科技大学 a. 林学院；b. 南方林业生态应用技术国家工程实验室，湖南长沙 410004 ； 2. 国家林业局 泡桐研究开发中心，河南 郑州 450003 ） 摘 要：为给杜仲SSR 分子标记的选择提供参考依据，利用MISA 软件对杜仲转录组序列进行了微卫星查找， 共获得重复单元长度为 1 ～6 碱基的29 067 个微卫星序列。分析这些微卫星序列后发现，在杜仲转录组中，长 度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富，占43.7% ；在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中，最主要的优势 重复单元分别是A/T 和AG/CT ；在三碱基、四碱基、五碱基重复类型中，(AAN) 、(ANAT) 、(AANAN) 分别 n n n 为其对应的优势重复单元。杜仲转录组中，微卫星的频率随着微卫星总长度的增加而降低。 关键词：杜仲；转录组；微卫星 中图分类号：S603.2；S722.3 ＋1 文献标志码：A 文章编号：1003—8981(2016)04—0047—05 Characteristic analysis of microsatellites in Eucommia ulmoides transcriptome SHEN Xiang-bao1a, YAN Wen-de1b, LIANG Xiao-cui1b, SUN Zhi-qiang2 (1. a. College of Forest; b. National Engineering Laboratory for Applied Technology of Forestry Ecology in South China, Central South University of Forestry Technology, Changsha 410004, Hunan, China; 2. Paulownia Research and Development Center of China, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, Henan, China) Abstract: In order to provide some references for the choice of SSR molecular markers of Eucommia ulmoides, microsatellites in the transcriptome sequences of E. ulmoides were found by MISA software. A total of 29 0