SRA 数据提交说明.PDF

SRA 数据提交说明 目录 SRA 数据提交说明 1 一、 SRA 数据提交 2 二、 提交步骤 2 三、 Primer 文件格式说明 2 四、 数据格式 2 Info 格式 2 Sff 格式 3   一、 SRA 数据提交 我们只接受 SRA 的原始数据。请照步骤提交数据并按照 SRA 数据提交说明处 理要提交的数据文件，生成指定格式后将 subdesc.bch 文件和指定格式的要提交 的数据文件一同上传给我们。 上传地 址：ftp://upload:lsbi@:2121/SRA/批次号/ 用户名为：upload 密码为：lsbi 二、 提交步骤 • 请先确认您已是数据共享平台的注册用户，否则请先注册。 • 登陆数据共享平台后,点击左侧菜单的 mydata,选择已有项目或创建新项目。 • 选择已有批次或创建新批次。在创建批次时，选择要提交的数据类型为“SRA”。 • 在点击批次下的 submit data 按钮后，进入提交页面。 • 选择离线提交（batch submission ） ，下载标识文件（subdesc.bch）。 • 按照指定格式处理生成数据文件，连同标识文件一起，通过 ftp 上传至服务器。 三、 Primer 文件格式说明 一个 SRA study 所包含的内容，应该在一个 SDSPB 的项目中提交。即 SRA study 和 SDSPB 项目为 1 对 1 关系。一个 study 的内容可以在一个项目下，分成几个批 次提交，每次提交不同的内容。 一个批次的 SRA 数据，包括一个.info 文件和一个名为 DATA，装有提交原始文件 的子文件夹。子文件夹中内容为描述 metadata 的 xml 文件或者 sff 等格式的数 据文件。一个完整的 study，包括一个或多个 study.xml, experiment.xml, sample.xml 和 run.xml，以及一个或多个数据文件。但是一个批次的提交数据不 一定包括所有的文件。 Run.xml 和该 xml 中包括的所有数据文件，必须要在一个批次中提交。 四、 数据格式 Info 格式 Tag 名称 内容描述 必填 备注 NAME: 提交人的姓名 是 EMAIL: E‐mail 地址 是 LAB: 实验室 INST: 机构名 FAX: 传真 TEL: 电话 是 ADDR: 地址 是 COUNTRY: 国家 是 FILENAME DATA 子文件夹下的文件名称 是 FILETYPE 该文件的类型 是   可 取 值 : study | experiment | sample | run | data CHECKSUM_METHOD 是 可取值:MD5 CHECKSUM 是 COMMENTS 用户的说明 Sff 格式