Excel平台的EST-SSR分析方法.pdf

第8卷 第3期 生 物信 息 孛 Vo1．8 No．3 2010年 9月 ChinaJournalofBioinffrmaties Sep．，2010 Excel平台的EST—SSR分析方法 詹少华 ，盛新颖 ，蔡永萍 ，樊洪泓 ，林毅 (1．皖西学院化学与生命科学系，六安 237012；2．安徽农业大学生命科学学院，合肥 230036) 摘要：科学工作者在分析EST—SSR特性时需要许多手工操作，这是一个耗时而又容易出错的工作。本文介绍了以Excel平台 来计算核苷酸数 目、计算特定碱基数量和比例、合并SSR重复基元、筛选基元的重复记录、统计基元的总重复数、计算基元在 SSR中最大或最小重复数、截取特定核苷酸序列等方法，这样可以提高分析的效率和准确性，同时对其他DNA或蛋白质序列 分析有借鉴作用。 关键词 ：Excel表 ；EST～SSR；Excel函数 中图分类号：Q811．4 文献标识码：A 文章编号：1672—5565(2010)一03～282—044 AnalyzingmethodsforEST——SSR basedonmicrosoftexcel ZHAN Shao．Hua ，SHENGXin．Ying ，CAIYong．Ping ，FAN Hong—Hong ，LIN Yi (J．ChemistryandBiologyDepartment，WestAnhuiUniversity，Lu’an，Anhui 237012，China； 2．LifeScienceSchool，AnhuiAgculturalUniversity，Hefei，Anhui230036，China) Abstract：AnalyzingtraitsofEST—SSRbymanualhandingweretime—consumingandmistakablejobs．AnalyzingmethodsforEST— SSR basedonMicrosoftexcelwereintroducedinthepaper，suchascalculatingthenumberofnucleotide，computingthenumberand rateofgivenbasegroup，classifyingSSR motifs，filteringrepeatedrec0rdsofmotifs，accountingofrthetotalrepeatnumberofmotifs， countingm~imum orminimum repeatfiguresofmotifsdistributinginsimplerepeatsequence，cuttingspecialnucleotidesequence．The methodswouldimprovetheefficiencyandaccuracyoftheanalyzingjob，andcouldcontributetothestudiesofotherDNAorproteinse— quenees· KeyWords：Excelsheet；EST—SSR；Excelfunction 随着公用 EST(ExpressedSequenceTag)数据库 1 计算DNA序列的核苷酸数 目 中序列数不断激增，很多EST数据库中EST的序列 数都超过百万个，例如拟南芥、牛、斑马鱼、鼠、小麦 LEN返 回文本字符串中的字符数，其语法为 的EST序列分别为 1526124、1517185、1379830、 LEN(text)，text即为单元格中的文本，此处为DNA 1197257、1051304个 (2008年 12月24日从 NCBI 的碱基序列，如表 1所示，在Al的单元格输入核苷 查询)，利用 EST开发EST—SSR引物成为新的研究 酸序列AATFGCCCTC，在另外任一个单元格中(例