生物网路的定量模拟方法研究-国立暨南国际大学.PDF

生物網路的定量模擬方法研究 蒲泰宏 俞旭昇 蔡劍霞 國立暨南國際大學 國立暨南國際大學 國家高速網路與計算中心 資訊管理研究所 資訊管理系 .tw ssyu@.tw jstsai@.tw 摘要 在基因體定序完成後，了解生命體內的運作與現象等重要工作即將肇始。生 命現象的複雜，並非肉眼可及，更遑論可以用一般的科學方法去觀察或解釋。在 系統生物學的機制下，透過dry-lab和 wet-lab的相互支援與配合，可以幫助我們 探究這瑰麗的寶藏。 本研究擬建構一套模擬系統，初探生命網路中元件間互動的現象。別於過往 的經驗，我們捨棄複雜的數學模型，透過網路的概念，去描述一個生命交互作用 的情況；更透過修正的 Petri net ，加入了物件導向技術的觀念，使整體模型的描 述更能貼近真實現象。 經由此項研究，可以幫助我們對於藥物發展以及病例研究有相當的幫助。在 許多實驗是無法藉由人體直接實驗或觀察，透過這樣的模擬系統，不僅可以節省 開發藥物的時間，更可以免除不必要的實驗風險。 目前本研究以醣酵解作用(glycolysis) 以及檸檬酸循環(TCA cycle)作為測試 標的，透過參考文獻修正系統的不足，期許能應用於更複雜的生物網路，如細胞 循環、訊號傳導或蛋白質交互作用網路等。 關鍵詞： 系統生物學、生化網路、Petri net 、物件導向。 生物網路的定量模擬方法研究 摘要 在基因體定序完成後，了解生命體內的運作與 真實的生命現象？這是一大難題。化學反應以化學 現象等重要工作即將肇始。生命現象的複雜，並非 方程式做定性描述，再轉換成數學模型進行定量。 肉眼可及，更遑論以一般的科學方法去觀察或解 代謝工程 (Metabolic Engineering)往往透過微分方程 釋。在系統生物學的機制下，透過 dry-lab和 wet-lab 組(ODEs)建模才能定量求解。但數學模型有其計算 的相互支援與配合，可以幫助我們探究這瑰麗的寶 上的複雜與延展性不佳之缺陷。從數學模型著手通 藏。 常有三個方法如表一： [15] 本研究擬建構一套模擬系統，初探生命網路中 元件間互動的現象。別於過往的經驗，我們捨棄複 表一 建模方法與挑戰 雜的數學模型，透過網路的概念，去描述一個生命 方法 挑戰 交互作用的情況；更透過修正的 Petri net ，加入了 無法準確描述現象 線性函數 物件導向技術的觀念，使整體模型的描述更能貼近 與穩定的震盪 真實現象。 片段如何分割 分段線性 經由此項研究，可以幫助我們對於藥物發展以 和段點的處理 及病例研究有相當的幫助。在許多實驗是無法藉由 單靠數據驗證 非線性現象 人體直接實驗或觀察，透過這樣的模擬系統，不僅