UNIX简单shell的设计和实现实验报告.doc

UNIX第一次实验报告 实验题目 实验1 简单shell 练习使用编程环境，包括shellvi和gcc编译器。 体会进程概念，了解fork，execve，wait 要求： 1、除了系统调用execve，exec函数。输入应当允许带多个参数(一行内可以表示)，不考虑通配符 (即“*”、“?”、“-”等等)的处理。 2、输入错误命令能提示出错并进入下一轮接收命令状态。3、可以用Ctrl-CCtrl-\结束简单shell的运行。 4、程序运行正确，提示简洁明确。 UNIX 虚拟环境 题目分析 实验一利用课本第9页程序1-5的框架，实现允许输入命令带参数的简单shell。原来的实现是不能够带参数的。输入命令所能带的参数个数，只受到系统键盘输入缓冲区长度（以及shell输入缓冲区长度）的限制，该缓冲区的缺省长度是4096个字节。实现时要解决的主要问题有： 正确理解并使用系统调用fork()，execve()和waitpid()； 根据简单shell的输入，构造execve函数的参数。 根据程序1-5，数组buf保存用户的输入，包括命令和参数。由于shell命令的命令名和各参数之间是用空格分开，因此可以用空格作为分界符。通过一个循环可以把buf数组中的命令和各个参数依次分离开来，并赋给数组argv的各元素适当的指针值。argv数组的最后一个指针必须是NULL。接着就可以调用execve(argv[0],argv, environ)来执行用户输入的命令。 算法设计 基本动态规划方法 基本思想：⑴、计算所给定的两个序列整个的相似分值，并得到一个相似度矩阵（similarity matrix），也称做动态规划矩阵或得分矩阵；⑵根据相似度矩阵，按照动态规划的方法回溯寻找最优的联配。 递归关系 算法描述 节省空间的全局比对算法 在利用动态规划表法计算时，每个数值只与前一行和本行的值有关，所以可以算完一行删掉一行，这样就在线性空间里解决的全局比对。 算法描述 回溯 Hirschberg提出了一种更加实际的回溯算法，利用分治的思想，把空间复杂度从O(nm)减少到O(m)，其中m n。我们定义Vr( i, j )为序列S的后i个字符所组成的子序列和序列T的后j个字符所组成的子序列的最优联配的分值。 定理： 在这个定理的基础上，Hirschberg给出了计算全局最优联配的算法： 计算V(n/2, m)，并将所得的分值存储于前趋矩阵F中 计算Vr(n/2, m)，并将所得的分值存储于后续矩阵B中 寻找某一列k，使得在交叉点（n/2, k）处满足： F( n/2, k) + B( n/2, m-k) = F( n, m) 将回溯任务划分为两个子问题： 在（0, 0）到（n/2, k）之间，找出一条最佳的路径 在（n, m）到（n/2, m-k）之间，找出一条最佳的路径 遇到的问题与解决方案 基本动态规划方法动态规划表无法建立 问题：最开始我想用基本DP方法解决，可是发现给定的DNA序列长度长达一万六千多个字符，16000*16000这样的数组在java虚拟机中开辟不出来，导致后面程序无法继续。 解决方案：参考老师上课的幻灯片以及网上的资料，我采用线性空间的算法解决了问题，虽然多花了一些时间，可是总比算不出来好。 Hirschberg算法回溯出口问题 问题：在利用Hirschberg算法回溯时，当分治后的序列足够短时如何让程序正确的跳出 解决方案：两个字符串s, t，当其中有一个字符串的长度小于等于1时，则不再进行分治，而进入判断输出阶段。在判断环节，如果s和t中有一个长度为0，则说明另一个字符串对应的都是空格；如果其中一个字符串长度为1，即只有一个字符，则将这个字符与另一个字符串中的每个字符比较，如果相同就算对上，若不同则对空格，要是比到最后一个都没对上，则强制错对最后一个字符。 找分治点时用时过长问题 问题：在回溯时，S的每个确定的分点S[i]要与T字符串的每个字符依次进行判断，而且每次判断需要算两次全局比对，很费时间。 解决方案：直接从T字符串的中点开始寻找，并向两边依次寻找。 实验代码及结果 另附压缩包。 实验心得 合作 这次实验虽然老师要求每个人独立完成，但是我在代码调试阶段得到了任智宇同学的大力帮助。尤其是Hirschberg算法出口的问题上我们一起研究了很长时间。而且工程中的Output类主要由任智宇编写。所以希望老师能够认可我们的合作。 多渠道获取信息与耐心调试 这次实验所涉及的课件基本上都是英文的，理解起来有一定困难，所以我通过互联网找了很多相关。其实这次工程的框架早已构建好了，就是一直在头疼那个分治思想的回溯方法，之后又在调试那个出口问题。在彻底明白分治思想之前，曾经试过很多幼稚的方法，比如直接截成四段，还有妄想把动态规划表