抗原特异TCR α和β链基因克隆及分子空间结构预测 - 第三军医大学学报.DOC

抗原特异TCR α和β链基因克隆及分子空间结构预测 尹青松1,2 谭获3，陈少华2，杨力建2，李萡2，叶静梅3，李扬秋2,4* （1河南省肿瘤医院，郑州 450008；2暨南大学医学院血液病研究所，广州 510632； 3 广州医学院第一附属医院肿瘤血液中心，广州 510260； 4 暨南大学再生医学教育部重点实验室，广州 510632） 摘要：目的 扩增弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）相关抗原特异T细胞克隆的全长TCR α和β链基因序列，并对其三维空间结构进行预测。方法 从已鉴定的2例伴有克隆性增殖tcr Vα6和Vβ13亚家族t细胞的DLBCL患者外周血中克隆全长tcrα和β基因序列，利用primer premier 5.0分析软件推算其相应的氨基酸序列，并通过自动化蛋白质模建服务器SWISS-MODEL进行三维空间结构预测。然后利用蛋白质三维图像分析软件Rasmol对所获得的tcr三维空间结构进行显示和分析。结果 获得DLBCL相关抗原特异TCR α6和β13全长基因序列及其氨基酸序列。2例患者的tcr Vα6的空间结构与PDB ID:3ffcD模型相似，序列同源性分别为92.16%和91.71%；而2个tcr Vβ13也均具有同一个空间结构模型PDB ID:2ialD，序列同源性分别为92.95%和92.18%。结论 来自不同DLBCL患者外周血中克隆性增殖的TCR Vα6或Vβ13亚家族T细胞的TCR具有高度同源性的空间结构，提示其可能识别相同的肿瘤抗原表位。 关键词： T细胞受体；CDR3区；同源建模；弥漫大B细胞淋巴瘤 中图分类法：R733.4 文献标识码：A [作者简介]：尹青松（1975-），女，汉族，河南新乡市人，主治医师，博士，主要从事细胞与分子免疫学方面的研究，发表论文10余篇。电话（Tel）：0371E-mail: jnyinqingsong@163.com [基金项目]：国家高技术研究发展计划（863）（2006AA02Z114）和广东自然科学基金重点项目9251063201000001） [通讯作者]：李扬秋，研究员. 电话: (020) E-mail: jnyangqiuli@163.com Antigen-specific TCR α and β gene cloning and three-dimensional structure prediction YIN Qing-song1,2, TAN Huo3, CHEN Shao-hua2, YANG Li-jian2, LI Bo2, YE Jing-mei3, LI Yang-qiu1,4* (1 Henan Cancer Hospital, Zhengzhou 450008, China; 2 Institute of Hematology, Medical College, Jinan University, Guangzhou 510632, China; 3Centre of Oncology and Hematology, first Affiliated Hospital of Guangzhou Medical College, Guangzhou, 510260, China；4 Key Laboratory for Regenerative Medicine of Ministry of Education, Jinan University, Guangzhou, 510632, China) 　 Abstract: Objective To amplify full-length gene sequences and to predict three-dimensional structure of DLBCL-associated antigen-specific TCR α and β. Methods The full-length TCR genes were amplified for the tcr Vα6 and Vβ13 subfamily T-cell clones and their amino acid sequences were deduced by primer premier 5.0 analytical software. three-dimensional spatial structures of the tcr α and β were modeled by SWISS-MODEL, then showed and analyzed by the analytical so