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实验一生物信息学数据库浏览与数据库检索实验原理：生物信息学数据库是一切生物信息分析的基础，目前，国际上已经形成了数以百计的生物信息数据库，在各种生物信息学数据库中，最为重要的还是收集DNA序列的核酸序列数据库：EMBL数据库(http://www.ebi.ac.uk)，GenBank数据库（）和DDBJ (DNA Data Bank of Japan)数据库(http://www.ddbj.nig.ac.jp)。数据库分为一级数据库和二级数据库。数据库检索系统中较为著名的也是常用的是NCBI开发的Entrez系统。实验目的与要求：通过浏览和检索常用的核酸基本数据库，熟悉三大著名的核酸公共数据库及数据库格式，了解其包含的具体内容,并能够在不同数据格式之间进行熟练转换；熟练掌握数据库检索的各种方法。要求学生通过浏览生物信息学重要的数据库，了解数据库的格式及数据格式通过检索掌握数据库检索工具的使用、方法及技巧掌握数据库资源的检索方法实验材料：（1）实验基因 SOD 基因Glycoside Hydrolase基因（2）数据库GenBank () EMBL (www.ebi.ac.uk)Cazy()NAR(/)工具软件：Entrez （）实验内容：一、利用数据库检索的工具Entrez在初级数据库GENBANK或EMBL检索有关SOD（superoxide dismutase）基因的核酸与蛋白质序列信息（1）进入NCBI主页（）（2）进入Entrez主页（3）输入自己确定的关键词，检索SOD（superoxide dismutase）基因（4）在核酸和蛋白质数据库中分别浏览检索到的结果，任选一个物种(真核生物)查看SOD基因的核酸和蛋白质序列（5）依次学习各条目的具体内容，并浏览该数据库条目中的每个超连接（6）使用related information功能查看map viewer，了解SOD的染色体分布情况等情况（7）在核酸数据库中，通过display view将蛋白质序列转换为FASTA格式，将记录的FASTA说明部分和第一行序列(8)在蛋白质数据库，点击advanced超链接，学习使用其检索每一特定物种的SOD蛋白回答以下问题：检索关键词是什么？KEYWORDS RefSeq.SOD 核酸的FASTA说明部分和第一行序列gi|998745920|ref|NC_029304.1| Cnaphalocrocismedinalisgranulovirus strain Enping, complete genomeATGGGCTACTATTCTAAATCACTACGTCACAGCCGCCACAACGGCACCACTTGTGTAATCGACAACCACA该数据库记录的物种来源是什么？ SOURCE Cnaphalocrocismedinalisgranulovirus该数据库记录是何时提交到数据库的？22-FEB-2016其分子类型、序列长度分别是？111246 bp DNA 请列举两篇有关SOD的文献。REFERENCE 1 (bases 1 to 111246)REFERENCE 2 (bases 1 to 111246)REFERENCE 3 (bases 1 to 111246)如何利用Entrez的advanced将检索限制在某一特定物种，简要写明具体步骤？二、二级数据库碳水化合物活性酶CAZy检索（1）进入CAZy数据库主页（）（2）在主页点击enzyme classes，学习该类酶的分类情况（3）在检索工具中限定检索项为family（4）输入对应的自定义的关键词，例如基因家族：GH5 GH9等，该家族共一百多（4）学习其已知的功能或相关的介绍，并选择一种细菌bacteria下的菌，点击GENBANK登录号，可查看其数据库记录并回答以下问题（可用英文做答）：你所检索的酶的功能为：你选择的细菌为哪种细菌该细菌中其酶的GENBANK登录号为三、利用NAR在线杂志进行数据库资源检索（1）进入NAR在线杂志网站, /（2）点击”2015 database issue”, （3）找到第一篇文献进入,（4）点击“database summaries”超链接，（5）点击“category list”进入，（6）在nucleotide sequence database下International Nucleotide Sequence Database Collaboration 找到GenBank数据库相关介绍,快速阅读并回答问题：GenBank数据库收集的序列来自多少物种？搜索查询提交序列的程序名称？GenBank数据库网址？请另选一你感兴趣的数据库进行检索，说明其属于哪类数据库简要说明该数据