基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略在VBNC状态乳杆菌转录组学研究中的应用.pdf

现代食品科技 Modern Food Science and Technology 2016, Vol.32, No.7 基因组De novo组装结合比较RNA-Seq策略在 VBNC状态乳杆菌转录组学研究中的应用 1,2 1 1 1 1 1 1 徐振波 ，侯玉超 ，刘君彦 ，邓阳 ，张霞 ，李冰 ，李琳 （1.华南理工大学轻工与食品学院，广东广州 510640）（2.美国马里兰大学微生物病理系，巴尔的摩 MD21201） 摘要：本文应用有参考基因组组装策略对一株提取自啤酒中的乳杆菌的两种生理状态进行转录组学分析。利用基因组测序技术 得到此株乳杆菌的全部基因组信息之后，把此株乳杆菌用低温诱导至 VBNC 状态，对正常状态和 VBNC 状态乳杆菌提取总 RNA。对 RNA 质量进行验证，将符合要求的 RNA 进行逆转录形成 cDNA，之后进行文库构建和 Solexa 测序。通过相关指标对测序结果进行 评估，之后以此前获得的全基因组序列为对照，进行转录组与基因组的序列比对和基因表的达差异分析。结果显示比对率大于 95%， 表达上调的基因有 21 个，表达下降的基因有7 个。本文所应用的基因组De novo 组装结合比较RNA-Seq 策略与常规De novo RNA-Seq 策略相比，省却De novo 拼接与组装的繁琐步骤，具有更高的准确性，为今后食品微生物在不同生理状态中分子调控机制的研究提供 重要基础。 关键词：乳杆菌；转录组；VBNC 文章篇号：1673-9078(2016)07-124-129 DOI: 10.13982/j.mfst.1673-9078.2016.7.020 Application of Genome De novo Assembly and Reference-based Transcriptome Assembly Strategy for Studying Lactobacilli in the VBNC State 1,2 1 1 1 1 1 1 XU ZHEN-bo , HOU YU-chao , LIU JUN-yan , DENG Yang , ZHANG Xia , LI Bing , LI Lin (1.College of Light Industry and Food Sciences, SouthChinaUniversity of Technology, Guangzhou 510640, China) (2.Department of biomedical science of university of Maryland, Baltimore 21201) Abstract: A new reference-based assembly strategy was applied for the transcriptome analysis of a Lactobacillus strain in two physiological states, isolated from beer. First, the genomic information was collected using the Illumina HiSeq 2500 sequencing system and de novo assembly. Next, this Lactobacillus strain was induced into the viable b