斑马鱼髓过氧化物酶基因cDNA克隆及结构及功能研究.doc

斑马鱼髓过氧化物酶基因cDNA克隆及结构及功能研究[摘要] 目的 髓过氧化物酶（MPO）是动物中性粒细胞中的一种血红素蛋白，有多种生物活性。本研究拟通过分析原始脊椎动物斑马鱼MPO基因的序列和结构，为研究动物MPO演化提供证据。方法 利用RACE技术和生物信息学技术从斑马鱼cDNA中鉴定了一个MPO基因并对其序列和结构进行分析。结果 通过序列比对和结构分析发现，斑马鱼MPO与哺乳动物、鸟类和其他鱼类的髓过氧化物酶基因具有高度序列和结构的相似性。结论 斑马鱼的MPO在动物MPO演化过程中处于过渡地位。 [关键词] 髓过氧化物酶；RACE；斑马鱼 [中图分类号] Q78 [文献标识码] A [文章编号] 1673-9701（2011）24-08-03 Cloning and Characterization of Myeloperoxidase Gene from Zebrafish （Danio rerio） DONG Chaohua College of Life Sciences， Qingdao Agricultural University， Qingdao 266109， China [Abstract] Objective Myeloperoxidase （MPO） is a hemoprotein present in the animal neutrophils and it has a variety of biological activities. The objective of the present study is to provide evidences for investigating the evolution of MPO. Methods A new MPO gene was cloned and characterized using RACE technology from zebrafish. Sequence and structural analysis was performed using bioinformatics technology. Results Sequence alignment and structural analysis showed that zebrafish MPO had high sequence and structural similarities with other myeloperoxidase from mammals， birds and other fishes. Conclusion MPO identified from zebrafish is in a transitional position. [Key words] Myeloperoxidase； RACE； Zebrafish 髓过氧化物酶（myeloperoxidase，MPO）是动物中性粒细胞中的一种血红素蛋白，有多种生物活性，与许多疾病的发生与发展密切相关[1-4]。MPO不仅在高等哺乳动物中存在，在低等无脊椎动物如虾、蟹、果蝇中都发现了MPO的同系物。从无脊椎动物到脊椎动物，MPO功能发生了很大的变化[1-6]，MPO功能演化是一个有趣的课题。斑马鱼作为一种典型的模式生物研究分子演化具有突出的优势。本研究以斑马鱼为材料鉴定其MPO基因，并对其结构与功能进行分析，以期为MPO功能的演化提供证据。 1 资料与方法 1.1 实验动物 实验用斑马鱼从本地观赏鱼商店购买。 1.2 RNA提取及cDNA第一链合成 总RNA提取和cDNA第一链合成利用TaKaRa公司的RNA isolation及反转录试剂盒，根据试剂制造商提供的说明进行。基因末端的克隆用Clonetech公司的SMARTTMRACE cDNA Amplification Kit进行。 1.3 生物信息学分析 基因序列和蛋白质序列相似性分析用BLAST软件进行，多重序列比对用Clustal W程序和多重序列显示程序。信号肽预测用SignalP 3.0程序，进化树构建用MEGA 4.0程序和邻位相连法（neighbor-joining）。蛋白质结构特征分析用蛋白质分析专家系统和运用简单模块构架搜索工具进行。 2 结果 2.1 基因克隆和序列分析 用tBLAST程序搜索斑马鱼WSG库，获得目标基因的候选序列并以此序列为基础，通过RACE技术获得基因全长，命名为DrMPO（图1）。 DrMPO全长3329bp，包括415bp的3’末端非编码序列和404bp的5端非编码区。编码区序列为2511b