药材与资源黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析.PDFVIP

中草药 Chinese Traditional and Herbal Drugs 第 48 卷 第 1 期 2017 年 1 月 • 155 • • 药材与资源 • 黄芪 miRNA 的预测及其干旱表达模式分析 * 韦春香，肖自华，黄 曦，李华云，高 飞 ，周宜君 中央民族大学生命与环境科学学院，北京 100081 摘 要：目的 利用生物信息学手段预测黄芪 Astragalus membranaceus 的miRNA 及其靶基因，应用定量 PCR 分析其干旱 胁迫表达模式，为黄芪 miRNA 研究奠定基础。方法 下载公共核酸数据库中的黄芪高通量测序序列，使用 Trinity 软件拼接 获得转录本数据。利用生物信息学预测方法进行黄芪 miRNA 及其靶基因的预测，并对靶基因进行功能分类分析。利用茎环 引物荧光定量 PCR 方法验证 miRNA 的存在，并分析miRNA 在干旱胁迫下的表达模式。结果 序列拼接获得 88 263 条黄芪 转录组数据。使用这些数据预测到分属于 17 个家族的 17 个 miRNA 序列以及相应的茎环结构前体。这些 miRNA 靶向的 145 个基因主要参与基因转录调控、物质代谢、信号转导、胁迫应答和蛋白翻译后修饰等生物学过程。随机选取 8 个 miRNA 进 行茎环引物荧光定量 PCR 验证，其干旱逆境表达模式分析表明 miR2118 和 miR166 可能参与了黄芪的干旱胁迫应答。结 论 预测的黄芪 miRNA 、靶基因以及干旱应答miRNA ，为理解miRNA 在黄芪中的生物学功能提供了重要数据。 关键词：黄芪；miRNA ；生物信息学；定量PCR ；干旱胁迫 中图分类号：R282.12 文献标志码：A 文章编号：0253 - 2670(2017)01 - 0155 - 10 DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.01.022 Prediction of microRNAs and drought expression pattern analysis in Astragalus membranaceus WEI Chun-xiang, XIAO Zi-hua, HUANG Xi, LI Hua-yun, GAO Fei, ZHOU Yi-jun College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China, Beijing 100081, China Abstract: Objective To provide a good start for the study of miRNA in Astragalus membranaceus, the miRNAs and their targets were predicted using bioinformatics approach, then the drought-induced expression pattern was analyzed using quantitative RT-PCR. Methods The deep sequencing data downloaded from public database were assembled using Trinity to establish the transcriptome database. Bioinformatics method was employed to predict miRNAs and their targets, functional classification analyses of targets were conducted. Stem-loop fluorescence quantitative PCR method was used to validate miRNAs, and the drought-induced expression patte