使用多特征联合变量的支持向量机方法预测外膜蛋白.PDFVIP

生 物 工 程 学 报 Chin J Biotech 2008, April 25; 24(4): 651-658 Chinese Journal of Biotechnology ISSN 1000-3061 cjb@ © 2008 Institute of Microbiology, CAS CSM, All rights reserved 研究报告 1 1 2 邹凌云 , 王正志 , 王勇献 1 , 410073 2 , 410073 : 外膜蛋白(Outer Membrane Proteins, OMPs)是一类具有重要生物功能的蛋白质, 通过生物信息学方法来预测 OMPs 能够为预测 OMPs 的二级和三级结构以及在基因组发现新的 OMPs 提供帮助。文中提出计算蛋白质序列的氨基 酸含量特征、二肽含量特征和加权多阶氨基酸残基指数相关系数特征, 将三类特征组合, 采用支持向量机(Support Vector Machine, SVM)算法来识别OMPs 。计算了包括四种残基指数的多种组合特征的识别结果, 并且讨论了相关系数 的阶次和权值对预测性能的影响。在数据集上的十倍交叉验证测试和独立性测试结果显示, 组合特征识别方法对OMPs 和非OMPs 的识别精度最高分别达到96.96%和97.33%, 优于现有的多种方法。在五种细菌基因组内识别OMPs 的结果 显示, 组合特征方法具有很高的特异性, 并且对PDB 数据库中已知结构的 OMPs 识别准确度超过 99% 。表明该方法能 够作为基因组内筛选OMPs 的有效工具。 : 外膜蛋白, 联合特征, 氨基酸指数, 相关系数, 支持向量机 Prediction of Outer Membrane Proteins Using Support Vector Machine with Combined Features 1 1 2 Lingyun Zou , Zhengzhi Wang , and Yongxian Wang 1 School of Mechatronics and Automatization, National University of Defence Technology, Changsha 410073, China 2 School of Computer, National University of Defence Technology, Changsha 410073, China Abstract: Outer membrane proteins (OMPs) are embedded in the outer membrane of Gram-negative bacteria, mitochondria, and chloroplasts. The cellular location and functional diversity of OMPs makes them an important pr