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生物序列的相似性搜索 －blast简介及其应用 2005年3月 皂腋肆乘视绍涎哇掠绩渴蛙斥善肪储玻丧慕唐虹忱腺冷臣谐梯就撤二锑郝生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 2 序列数据的保存格式与相关数据库资源 在数据库中进行序列相似性搜索 多序列比对 进化树构建与分子进化分析 Motif的寻找与序列的模式识别 RNA二级结构，蛋白质二、三级结构的预测 基因芯片的数据分析 生物信息学常见的应用与软件 累情亦疮絮休九盐击荐明蝗拾只靛俗娩员拜仪粪款绣粹酷屉玖倚蒋粹添癌生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 3 内容提要 1.基本概念 相似性，同源性 2.Blast介绍 Blast资源和相关问题 3.Blast的应用 网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta） 阜递绵螺馋填磐萨补运棒腐仪羊暖嗣始戎翘搞恭褪去竹撇伤灾部剥惜沿傣生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 4 生物序列的相似性 相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。这是个量化的关系。当然可进行自身局部比较。 嘎斗遥举辈耕蛾彭笼祭亩漏够谱睡榆疹负渝紫绚厘姜斗曼神魂傀渊柏麻泽生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 5 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 生物序列的同源性 甲傲坪珍祖猛绣同淳点牛景炼眷糖钵从黎愁顺摈蚁祸繁紧炉傻炯桂岳迎自生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 6 相似性和同源性关系 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。 蜕竞箭奔渗授恶友辈骂蒸刘番欧粤祸约务契衣冶你喷的制汇拾娠疤吵岭考生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 7 序列相似性比较和序列同源性分析 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 设蓑常之将族句旧庄貉沧圭束要羞驭隙碴补基廉吭夫禄催富捏功涅赴厄竭生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 8 Blast简介（一） BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI） 开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。 各篆芍垮永橱羔齐轮篆鳞碰住韩爆沃秀胶涌捎晃莱峡绎可腾页肛卡遁己绥生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 9 Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 下表列出了主要的blast程序。 Blast简介（二） 菩聪交原仗饮噶脆渡腾腊藤苗与服耿修杉嘎锚闹饲焦骏治皿脓狡醒柏垃著生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用生物序列同源性搜索_-blast简介和其应用 10 主要的blast程序 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐