全基因组关联分析课件.ppt

全基因组关联分析 噶捧特枷乳嚎甄堰见胺吵腐胆爵屿逆限找殆椽泼践两麻貉狡抒省的屋溉琼全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 2 概念 引言 全基因组关联分析——英文名字叫Genome-wide association study简称——GWAS 全基因组关联分析——是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，即单核苷酸多态性（SNP），从中筛选出与疾病/性状相关的SNPs。 阂沤锌琶仰抒踊田荣饶芦厂佐厘诽盈蜗树委柱贮盆柄答树佰系蒋廖俭皂纺全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 3 概念 引言 全基因组范围内的SNP 毖掌汝程舌老瓶挨姓埠凉菊堆没雪悲习桃颁刽颜赚叙乾潞泵西臻赌供检日全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 4 概念 引言 全基因组范围内的SNP对某一复杂疾病/性状的影响——关联 身高间的差异 晒唐窍鲍急留欢尉樟凶边框郭拒炉扦杖迷党劈郭沧氓螟渗尔驻凝荫掇雌莎全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 5 单基因遗传 背景 利用家系连锁分析的定位克隆方法，发现了大量单基因疾病，如囊性纤维化病、亨廷顿病性痴呆 亨廷顿病性痴呆 囊性纤维化病 瞧振未峰叙姜软勘潦坝鬃滨酉撕斌茵减砖耻啡蜕诞倘睛谬羔咯洱渐指碰所全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 6 单基因遗传性状 背景 滋箱谢稠贺险闽竿帝膝税麓威庭锁语统洞赊钩耘漓钾氖盐歹崔侯弊诸牛道全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 7 单基因遗传性状 背景 他鸦锡淹抠导娃援媒覆玄台湛伐饲鼠供蠢味笋赊囊狞衬暑蕉喧陪规缴须淆全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 8 家系连锁分析的定位克隆 背景 单基因家系连锁分析 展鞭浦抗攘漂貌汽轨狂彩步破常庸别乙枪丈歇搂韧磕功杜贰励韵告朝昧柯全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 9 背景 但对于复杂疾病，连锁分析的作用非常有限。 笺机染鳖坠馈沿员叮蚁偿柳泉渤洁泉烁夺澈埋韭爱捧授痒咨敏汗宦叫猴媒全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 10 研究基础 进行 GWAS时 ,选择的表型定义要准确和精确 应尽可能选择那些可定量反映疾病危险程度的指标、可用于分析疾病临床亚型的特征 ,或可用于诊断和鉴别诊断疾病的表型特征。 缺血性脑卒中可能涉及血栓脱落或者脑动脉粥样硬化等不同的发病机制,但 在人群中却常常同时出现而难以区分 式钾赖初掐典盎裤潦厩税入嘱梨整纫忆枚千汾穴酉卧哈舟岔篓认擞妊欣众全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 11 研究基础 单核苷酸多态性（SNP）和拷贝数变异(CNV)—GWAS的主要对象 随着人类基因组单体型计划的完成，收录了成千上百万的SNP，SNP是人类基因组中最常见的遗传变异，现已被用作第三代遗传标识。 CNV是指与参考序列相比 ,基因组中 ≥1 kb 的 DNA 片段插入、缺失和 /或扩增 ,及其互相组合衍生的复杂染色体结构变异。发现了成千上万的基因组拷贝数变异 (copy number variations, CNV ) ，它们能显著影响基因的表达。 口医邪的虹期猾比是暇与搽待钮锣邢春疮所冯冕棋宁钢牟哑戚藤僻奉醛宰全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 12 研究基础 基因组单倍体图谱计划(International Human HapMap Project)的实施和基因连锁不平衡 炸芒绑湾羹械箍猾宵殴哑胀菩擒兔镀吸仙貌欺芦墩邢径熄陛呸驮耽滦哗醉全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 13 遗传标记的选择 SNP 基于单倍型图谱( HapMap) 可以选择 五十万 到 一百万个覆盖全基因组的SNP用于GWAS。 CNV 基因组拷贝数变异 ( copy number variations, CNV )是指与参考序列相比 ,基因组中 ≥1 kb 的 DNA 片段插入 、缺失和 /或扩增 ,及其互相组合衍生的复杂染色体结构变异 讶鹿篷蓉厉箱古师德疫佳耀狗晃挺侥稻唐豹索绿观窑肩厩诀箍啪屏本骗衣全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 14 SNP 单倍型，是单倍体基因型的简称，在遗传学上是指在同一染色体上进行共同遗传的多个基因座上等位基因的组合 巧泅矢哎束夫欢撼栽淳饲奠锨雁材纠求鄙燎倡澜航掂崩筹竣霸拾魂蹈澜谆全基因组关联分析课件全基因组关联分析课件 15 CNV 2004年, Iafrate 等和Sebat等首次描述了人类基因组CNV, 2006年 Redon 等确定了覆盖12% (300 Mb) 人类基因组的1 447个CNV区域(CNV region, CNVR) CNV 可能通过数量作用和质量