商冠冠－微阵列在病原体检测和生物防御的应用-生物化学与分子.PPT

前言 各种疾病的自然暴发和恐怖活动对病源微生物的滥用，对人类安全健康造成严重的危胁。特别是过去的几十年，SARS，禽流感和炭疽病毒的信件袭击事件，给我们敲响了生物安全的警钟。这促使了世界各个国家和民间团体组织对其防御的研究。 在各种生物检测和防御的方法中，微阵列的多通路，低容量和高敏感的内在能力，使其不仅在基因表达和序列分析的研究中发挥着独特的优势，在生物威胁分析表现出明显的优势。特别是近年来，微量PCR和荧光标记技术的发展，更加促使其发展。 21世纪初，出现各种新的微阵列。其它各种生物分子被固定在芯片，包括蛋白质（整个蛋白质，酶和抗体），小分子（药物样分子多肽和碳水化合物），甚至整个细胞和组织，构建了各种功能各异的生物芯片。 芯片制作流程 一.DNA芯片在病原体检测的应用 在DNA芯片中，探针的选择和设计是非常重要的。它影响着实验的敏感性，特异性和整体保真性。这些问题包括:相反杂交，特异结合，退火温度与引物长度、GC含量的一致性等。 Wang et al.采用随机引物反转录RNA病毒，然后与固定在芯片上包含130多个病毒的160070个探针进行杂交检测。 Lin et al.采用再测序微阵列对流感病毒A和腺病毒进行的检测和分析。 DeSantis and colleagues 构建了小核糖体亚基RNA的高密度叠瓦式微阵列，其含有62358个寡核苷酸，包括18种环境微生物和变种。 Miller and colleagues 改进PCR的同步扩增样本基因，并用于临床诊断和病源体的检测。其精确度，敏感性和特异性分别达到94%，76%，100%。 二.DNA芯片在病原体分型的应用 DNA微阵列在分子进化，宿主与病原体相互作用和毒力模型中的应用，极大促进了我们对疾病病因学和流行病的理解。 DNA微阵列一个重要的应用是再测序。Wong and colleagues使用包含383120（27）个探针的微阵列对SARS病毒进行跟踪。其精确度达到99.99%。 DNA微阵列也能增加我们对生物进化研究。例如：通过16S rRNA微阵列发现：Y. pestis （跳蚤叮咬)和 Y. pseudotuberculosis（食物或水）仅有3个遗传小岛和几个无活性基因的差别，分析其在1500-20000年前发生分化。 相似是DNA微阵列被用于各种有毒或无毒物种的分类。 三、DNA微阵列的应用 随DNA微阵列技术的发展，其克服设备成本昂贵，走出实验室已成为可能，将来能在生物防御等各个下游领域发挥重要的作用。新技术包括： (1)样本准备的更多整合； （2）μPCR应用; (3)手提式微流体芯片和阅读器的发展。 四、蛋白质，多肽和碳水化合物芯片 基因表达产物是否及何时被翻译;翻译调节及翻译后修饰的种类与程度;基因产物的相应含量;基因剔除或过表达的影响;多基因现象的表型以及蛋白质之间的相互作用等 mRNA的丰度与其最终表达产物间的关联，许多蛋白质翻译后修饰加工、构变化、蛋白质与蛋白质间、蛋白质与其他生物大分子的相互作用等 。 其它非蛋白质之间也存在相互作用。 DNA微阵列和对其它的研究也促进了其它微阵列的发展。 五.非DNA芯片在病原体分型的应用 将各种病原体表位蛋白固定在载体上，制成的蛋白质芯片，在血清学实验中，用于病原体的检出。Davies和其同事用牛痘病毒的190多种蛋白和土拉弗朗西斯菌的1700多种蛋白质，制成蛋白质芯片用于相关病原体的分型。 用1400多种多肽-氧肟酸盐制成的小分子微阵列对炭疽至死因子进行筛查，筛选潜在的候选药物。 多糖微阵列也被用于研究流感病毒与其受体的相互作用。Stevens和其同事针对H5和H1型禽流感凝集素的a2-3 和 a2-6选择性结合，建立的多糖微阵列用于监控其正选择压力的改变。 * * 姓名：商冠冠 学号*