多序列比对和Clustal使用,以与各类常见序列分析工具介绍课件.ppt

多序列比对与Clustal的使用，以及各类常见的序列分析工具介绍;内容提要;第一部分：多序列比对及Clustal的使用;序列相似性比较和序列同源性分析;多序列比对的意义;同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系，和blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是序列数目多，且序列长的情况下。;多序列比对的方法;自动多序列比对的算法;自动多序列比对的算法;Clustal的渐进比对过程;多序列比对工具－clustal;Clustal简介;Clustalx的工作界面（多序列比对模式）;Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式）;Clustal的工作原理;Clustal的应用;2.两种工作模式。 a.多序列比对模式。 b.剖面(profile)比对模式。 3.一个实际的例子。;多序列比对实例;第一步：输入序列文件。;第二步：设定比对的一些参数。;参数设定窗口。;第三步：开始序列比对。;儿娇秩垣似威耳琴鼓怀绍荒曝归啦咨挎硕离摸朋悬亿淘几鸵雌秆墅夏懂滔多序列比对和Clustal使用,以与各类常见序列分析工具介绍课件多序列比对和Clustal使用,以与各类常见序列分析工具介绍课件;第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式;在线的clustalw分析;更为详细的教程;实际操作(练习);第二部分：常见的序列分析软件分类简介;GCG EMBOSS(免费) Vector NTI DNAstar Bioedit(免费) 其他;GCG(商业软件); GCG 软件包包括了超过130个独立的序列分析程序，大致上可以分成以下12个类别： 1. Sequence Comparison 2. Database Searching and Retrieval 3.DNA/RNA Secondary Structure Prediction 4.Editing and Publication 5.Evolutionary Analysis 6.Fragment Assembly 7.Gene Finding and Pattern Recognition 8.Importing and Exporting 9.Mapping 10.Primer Selection 11.Protein Analysis 12.Translation ; 除了分析程序以外， GCG 同时也提供多种生物学数据库。 核酸相关的: GenBank(/ ) EMBL (http://www.ebi.ac.uk/) 蛋白质相关的： SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/) PIR (/pir/) SP-TrEMBL (http://www.expasy.ch/sprot/ ) 使用者可以输入自己实验获得的分子序列， 或者从这些数据库中来获取得到分子序列，再用到GCG的分析程序进行分析。; GCG的工作方式(S-C) 安装在基于Unix系统的服务器上，目前可以安装的平台(platform)有SGI 的IRIX 操作系统，SUN 的Solaris操作系统，及Compaq 的Tru64操作系统，用户可以通过网络连接的方法来使用GCG提供的分析程序以及数据库。;1.传统的命令行形式，这种情况要求用户熟悉程序的命令。 2.借助SeqLab的用户窗口界面，通过各类表单的操作来实现分析任务。 以上两个执行GCG的方法都是通过telnet来实现的。 3. 借助于WWW服务的SeqWeb，是最为简单和方便的使用方式。 虽然命令行的操作需要一些操作，但是对于熟悉GCG的用户来说，却是最为快捷和有效的方法，此外这种方法还可以扩展到批处理中。;EMBOSS(免费软件);Vector NTI;主要功能： 1.DNA序列的ORF、Motif、功能区搜索，限制酶图谱，蛋白质翻译。 2.PCR引物、测序引物、杂交探针的设计和评价。 3.DNA测序片断的拼接 4.同源比较和系统发育树构建 5.蛋白质结构预测：三维结构、化学键、翻译后修饰位点、结构域等 6.模拟电泳：琼脂糖、PAGE;DNAstar;主要功能：1. Editseq，可以从键盘、数据库或数字序列输入和编辑。2. PrimerSelect，PCR引物和探针设计。3. MapDraw，限制性位点分析和图谱绘制。 4. MegAlign，多个和成对蛋白或DNA序列比对。