蛋白质在固态纳米孔中的易位行为.pdfVIP

生物物理学报 2014年 8月 第 3O卷 第 5期：360—368 www．cjb．org．ca ACTA BIOPHYSICA SINICA Vo1．30No．5 Aug．2014：360-368 蛋白质在固态纳米孔中的易位行为 武灵芝 1， 刘玉棋2， 刘 伟 ， 陈 栋 ， 陈 豪 1．南京邮电大学地理与生物信息学院，南京 210046 2．南京邮电大学材料科学与工程学院，南京 210046 收稿 日期：2014．05—27；接受 日期：2014—07—22 基金项 目：国家 自然科学基金青年项 目，南京邮电大学校科研基金项目(NY213185)~实验室研究 课题(17032SG1310)，中国博士后科学基金(20110491339) 通讯作者：武灵芝，电话：(025E—mail：wwlingzhi@gmail．tom 摘要：纳米孔是 目前单分子检测的一项重要技术。除了DNA，蛋 白质也成为纳米孔研究的重点 对象。作者 以血清蛋 白为例，研究 了蛋 白质在氮化硅纳米孔 中的易位行为，并对蛋白质的易位 事件进行 了分析。和DNA相比，蛋 白质本身的荷 电和结构特性，使其进入纳米孔 的通量较低 ， 同时，蛋 白质和纳米孔表面存在吸附现象，减慢了蛋 白质在纳米孔中的易位速度 。当电压增大 时，蛋 白质的易位事件增加，过孔速度加快，吸附现象减弱。不过，在高电压下，蛋 白质在 电 场力的拉扯下构象发生变化，出现部分或者全部解折叠。这些结果表 明纳米孔提供 了一个独特 的获得蛋 白质结构和功能信息的检测平 台，可为蛋白质相关疾病的诊断和治疗提供技术支持。 关键词：纳米孔；蛋白质 ；蛋 白质吸附；蛋 白质解折叠 中图分类号：064 DoI：10．3724／SP．J．1260．20】4．40066 引 言 生物体中广泛存在着纳米尺度的孔道，蛋白质、离子的跨膜运动是生物体内重要的生 命活动，对于整个生命体的物质交换、能量代谢及信号传导具有重要意义Ill。1996年 ， KasianowiCZ等人2[]首次报道了 ．溶血素f．HL)蛋白质纳米孔，并成功检测 出DNA和 RNA 分子，开启了纳米孑L研究的热潮。在此基础上，随着微加工技术的进步，人工纳米孔也成 为现实。2001年，Li等人口】利用高能离子束在氮化硅薄膜上制备得到纳米级的孔洞。固态 纳米孔的稳定性高、尺寸大小可控、重复性好等优势，大大扩展了纳米孔技术的研究范围。 除了DNA，蛋白质等生物分子也成为纳米孔单分子检测的重要研究对象。通过有效利用电 导脉冲传感的简单原理，纳米孔在蛋白质检测及结构与功能分析方面具有巨大的潜力。当 蛋白质分子进入纳米孔，阻塞电流变化的强度、频率和周期能够提供蛋白质在溶液中的体 积和浓度，以及构象、表面荷电、结合配体或者酶活性等特性4~【7_，这对于研究蛋 白质的结 构和功能关系具有重要的意义，同时，可更加真实地模拟蛋 白质分子在生物体内的跨膜输 运，为人们认识生物体内的物质输运和信号传导提供了有力工具。 不过，和DNA相比，蛋白质具有非常独特的物理化学特性，使得纳米孔在蛋白质单分 武灵芝等：蛋白质在固态纳米孔中的易位行为 子检测中具有一定的挑战性。首先，蛋白质是两性分子，表面具有不同的荷电氨基酸，在 不同的溶剂环境中，蛋白质表面荷电情况不同，直接影响着分子在纳米孔 中的易位行为。 其次，蛋 白质具有非常复杂的结构，且蛋 白质的结构稳定性比较脆弱，温度、变性剂及电 场力都可能部分或者完全破坏蛋 白质的结构[8~砌。如在纳米孔的强电场下，蛋白质表面的 正、负电荷会被驱使到相反的方向，诱导天然蛋白质的结构发生变化…叫 。因此，不同于 链状DNA分子线性过孔，蛋白质在纳米孔中易位的结构具有多样性，可以是球形的折叠结 构，也可以是链状的去折叠状态。由于氨基酸的分子体积变化远远超过核苷酸的体积变化， 蛋白质中电流下降的幅度变化更大，且对序列中特别的特性更加敏感。此外，多肽链上的 电荷依赖于其序列；孔内的净 电荷可以作为过孔位置的函数波动。同时，由于蛋 白质和 DNA在尺寸大小上的差异导致其在溶液中受到的粘滞阻力、电渗流等不同，直接影响着蛋 白质进入纳米孔的通量和易位的动力学过程 [11～13]。这些性质使得蛋白质在纳米孔中的易位 行为更加复杂。因此，本文以血清蛋 白为例，详细地研究了蛋白质在氮化硅纳米孔中的易 位行为，并对蛋 白质的易位事件进行了分析。通过体积排阻效应，我们计算得到了血清蛋 白的体