一种基于极值域组合的多序列联配求精算法.pdf

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一种基于极值域组合的多序列联配求精算法

2005 9 5 Vo.l 18N o. 5 18( 83) Journal of H unan Tax College Sep. 2005 * 胡桂武 (广东商学院数学与计算科学系, 广东 广州 510320) [ ] 多序列联配 (M SA ) 是一个NP 问题, 常用的方法有渐进法和迭代法, 但渐进方法不能调整早期的 误, 迭代方法面临怎样跳出局部最优的问题针对多序列联配问题, 提出了极值域组合思想和挖掘策略, 极值域 组合能够减少搜索空间, 易于找到全局最优解最后得到 一种基于极值遗传算法和挖掘策略的多序列联配求精算 法算法用来自于数据库 BA liBASE 中的数据进行了验证 [] 多序列联配; 组合极值; 遗传算法 [] 153. 4 [] A [] 1008 - 4614 - (2005) 05 - 0050 - 03 , , , , , : , , ! , S= s s ∀ s, T = t t ∀ t 1 2 n 1 2 m (sequence alignment) : ST - !, S# T#, S#T # , , ST; s, t , , i i , , DNA , , , = {A, G, C, T}, , 20, , , , : , Feng - Doolittle, , 1 S , S , ∀ S , 1 2 k ! , : , , i) S# = S# = ∀ S# ; 1 2 k , ii) S# ) S ( ik) ; i i ,

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