生物信息学实验方法步骤.docVIP

生物信息学实验方法步骤 （此方法不一定准确，仅供大家参考，有疑问或错误请提出。谢谢！） 1. 基因序列的BLAST分析，登陆到NCBI数据库进行BLASTn比对，从比对的结果了解所分析基因的一些基本信息； 方法：打开gene sequence.txt，copy里面的序列，上NCBI网站(/)，点击BLAST －nucleotide BLAST － paste之前copy的序列 － entrez query改为：nucleotide collection － BLAST 得到比对结果后，取下①图；②图表；③选择第一个相似性最大的（99％），copy比对结果到作业中。 基因编码产物的分析：采用bioedit，ORF finder等软件分析该基因编码的蛋白质序列；并对该蛋白质序列进行BLASTp分析，了解基本信息并和其核酸分析的结果进行比较； 方法：使用Bioedit软件。Open－gene sequence.txt－Sequence－Nucleic Acid－Translate－Frame1 得到结果后，只需要copy氨基酸序列（DNA的不要，即只copy两行中的第一行）到作业中。 编码的蛋白质序列的基本情况分析：包括氨基酸组成，分子量，等电点、信号肽分析； 方法： (A)使用Bioedit软件。Open－protein sequence.txt－Sequence－Protein－Amino Acid Composition 得到结果后，取①柱状图；②氨基酸百分含量到作业中。 (B)双击打开ExPASy - Tools.mht网站[在老师给的资料中]，找到Primary Structure Analysis下的Compute pI/MW，点击进去 － copy protein sequence.txt里的蛋白质序列，并paste上去 － 点击Click here to compute pI/MW 得到的结果为：Theoretical pI/Mw：xxx/xxx（数据），copy到作业中。[pI是等电点，MW是分子量] (C)使用Bioedit软件。Open－protein sequence.txt－Sequence－Protein－Comette Scale Mean Hydrophobicity Profile 得到结果后，取下该图。 然后Open － protein sequence.txt － Sequence － Protein － Eisenberg Scale Mean Hydrophobicity Profile。 得到结果后，取下该图。 从SWISS-PROT获取和所分析蛋白同一家族的成员蛋白约20条左右，利用ClustalW进行多序列比对，找出该家族蛋白质的保守性区域；并利用常用N-J法构建系统发育树，了解它们在进化的相互关系； 方法：（这一步：‘从SWISS-PROT获取和所分析蛋白同一家族的成员蛋白约20条左右’不用做） (A)打开select for pH.txt，找到sp|P29126 及1F5J:A后，完全删掉这两条序列[删掉sp|P29126是因为老师说这条序列太长，会影响多序列比对的结果，删掉1F5J:A是因为这条是多于的，我们实验讲义上没有这一条]，保存或另存为。使用clustal8软件。双击clustalx.exe － File － Load － 刚才保存的那个select for pH.txt[此时应共有21条序列] － Alignment － Do Complete Alignment － ALIGN － 结果出来后，File － Save sequence as.. － Save from residue 0－0（这里要改成260－720，当然，每个人引入的数据如果不同，ALIGN的结果不同，取的范围也不同，如果按照之前删掉上面那两条序列的话，应该是取260－720这个范围没有错） (B)存好后，继续下一步。点击Trees － Draw N－J Tree。得到的后缀为.ph的文件用TreeView软件打开查看。双击treev32.exe － File － Open － 后缀 为.ph的文件 － 点击 图标 － 得到树状图后截屏取下图到作业中。 利用swiss－model服务器对所获得的蛋白质序列进行同源建模，了解其三级结构，并利用spdbviewer软件找出上述保守序列在空间的未知。 方法： (A)点击打开ExPASy - Tools.mht网站[在老师给的资料中]，找到Tertiary structure prediction下的SWISS-MODEL,点击进入 － 点击First Approach Mode － 输入email address，project title，