河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析-云南农业大学.PDF

云南农业大学学报 （自然科学），２０１７，３２（２）：２３８－２４５ ｈｔｔｐ：／／ｘｂｙｎａｕｅｄｕｃｎ ＪｏｕｒｎａｌｏｆＹｕｎｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ） Ｅｍａｉｌ：ｘｂ＠ｙｎａｕｅｄｕｃｎ ＤＯＩ：１０１６２１１／ｊｉｓｓｎ１００４－３９０Ｘ（ｎ）２０１７０２００８ 河流型与沼泽型水牛ＣＳＮ３基因密码子使用特征分析 １＃ １＃ ２ ３ １ １ 范新阳 ，邱立华 ，罗国祥 ，张永云 ，滕晓红 ，苗永旺 （１．云南农业大学 动物科学技术学院，云南 昆明６５０２０１；２．云南省大理州家畜繁育指导站，云南 大理６７１０００； ３．云南农业大学，农科专业基础实验教学示范中心，云南 昆明６５０２０１） 摘要：本研究以５４头河流型水牛和７０头沼泽型水牛为研究对象，并以从ＮＣＢＩ数据库中下载的普通牛、野牦 牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照，对乳成分中重要的 －酪蛋白 （ｋａｐｐａｃａｓｅｉｎ）编码基因ＣＳＮ３的密 κ 码子使用偏好性及水牛与其他物种间ＣＳＮ３基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明： 两种类型水牛ＣＳＮ３基因密码子使用特征相似，河流型水牛ＣＳＮ３基因共有２６个偏好使用的密码子，而沼泽 型水牛共有２７个；其中，两类水牛偏好性较强的密码子均为ＧＵＵ、ＵＣＡ、ＡＧＵ、ＣＣＡ、ＡＧＧ、ＧＧＵ和ＧＧＡ （ＲＳＣＵ ２），河流型水牛对Ａｓｐ的两种密码子ＧＡＵ、ＧＡＣ没有使用偏好性，而沼泽型水牛偏好使用ＧＡＣ；河 ≥ 流型水牛编码Ａｓｐ和Ｃｙｓ的同义密码子ＲＳＣＵ值为１，而沼泽型水牛只有编码Ｃｙｓ的同义密码子ＲＳＣＵ值为１。 研究发现，所有物种ＣＳＮ３基因均偏好使用以Ａ／Ｕ结尾的密码子，但不同物种之间偏好使用密码子种类和数 目均有差异。在密码子使用频率上，水牛ＣＳＮ３基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子 使用偏好聚类分析表明，河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近，聚为一类，然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和 人等物种相聚。 关键词：河流型水牛；沼泽型水牛；牛科物种；ＣＳＮ３基因；密码子偏好性；聚类分析 中图分类号：Ｓ８２３２　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００４－３９０Ｘ（２０１７）０２－０２３８－０８ ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｄｏｎＵｓｅＣｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓｏｆＣＳＮ３ＧｅｎｅｉｎＲｉｖｅｒａｎｄ ＳｗａｍｐＢｕｆｆａｌｏ（Ｂｕｂａｌｕｓｂｕｂａｌｉｓ） １ １ ２ ３ ＦＡＮＸｉｎｙａｎｇ，ＱＩＵＬｉｈｕａ，ＬＵＯＧｕｏｘｉａｎｇ，ＺＨＡＮＧＹｏｎｇｙｕｎ， ２ １ ＴＥＮＧＸｉａｏｈｏｎｇ，ＭＩＡＯＹｏｎｇｗａｎｇ （１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＹｕｎｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｕｎｍｉｎｇ６５０２０１，Ｃｈｉｎａ； ２．ＬｉｖｅｓｔｏｃｋＢｒｅｅｄｉｎｇＧｕｉｄａｎｃｅＳｔａｔｉｏｎｏｆＤａｌｉＰｒｅｆｅｃｔｕｒｅ，Ｄａｌｉ６７１０００，Ｃｈｉｎａ； ３．ＴｅａｃｈｉｎｇＤｅｍｏｎｓｔｒａｔｉｏｎＣｅｎｔｅｒｏｆｔｈｅＢａｓｉｃＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＭａｊｏｒｓ， ＹｕｎｎａｎＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｋｕｎｍｉｎｇ６５０２０１，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｉｎｔｈｉｓｓｔｕｄｙ，ｃｏｄｏｎｕｓａｇｅｆｅａｔｕｒｅｓｏｆｍｉｌｋｃ