人类基因组的全序列分析.ppt

* 发表人类基因组初稿 完成10万个人类全长cDNA的测序 　2001 年 2 月人类基因组计划公立阵营在 15 日出版的《自然》杂志、塞莱拉公司在 16 日出版的《科学》杂志上公布各自的人类基因组测序草图 完成和发表小鼠基因组初稿 完成和发表水稻基因组初稿 完成大鼠基因组初稿 2003 人类基因组计划完成 2003.5.28—2003.6.2 冷泉港 人类基因组完成图发布会 HGP基本内容 四个图谱 遗传图谱 物理图谱 序列图普 转录图谱 （一）遗传图谱（genetic map） 通过计算连锁的遗传标记之间重组频率而确定它们相对距离的遗传图，一般用厘摩（cM）来表示，遗传图谱确定了DNA标志在染色体上的相对位置与遗传距离,故又称连锁图谱（linkage map）。 它显示所知的遗传标记在染色体上的相对位置，而不是特殊的物理位置。 （分辨率由低到高） 1、第一代遗传标记 70年代，蛋白质、免疫学标记、RFLP 2、第二代遗传标记 1985年，小卫星、微卫星标记 3、第三代遗传标记 1996年，SNP（single nucleotide polymorphism），共300万个 SNP(单核苷酸多态性) 人与人之间的DNA序列略有不同，表现在某些位点的差异。在人类DNA 的某一位点处的核苷酸，A、T、G、C都有可能出现而且概率均大于1%，称之。 SNP最多四种，但人类基因组很大，平均每1000对就有一个。 SNP是最有发展前途的DNA标记。 ?14号染色体遗传图谱上家系定位示意图??? SD-Z01家系致病基因位点位于D14S1021-D14S70之间约7.6厘摩区域，已知DFNA9定位于D14S252-D14S49之间9厘摩区域，两者有4.7厘摩的重叠区，COCH位于重叠区域内 （二）物理图谱（physical map ） 描绘DNA上可以识别的标记的位置和相互之间的距离(以碱基对的数目为衡量单位)，这些可以识别的标记包括限制性内切酶的酶切位点，基因等。物理图谱不考虑两个标记共同遗传的概率等信息。 通过不同方法，可建立多种物理图谱。 分辨率由低到高： 染色体图谱 长片段限制性酶切图谱 DNA克隆片段重叠群图谱 4 基于STS的物理图谱 EST( Expressed Sequence Tag)表达序列标签 从一个随机选择的cDNA 克隆获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分, 平均长度为360 ±120bp 。 即：一个EST对应于某种mRNA的cDNA的一段序列 STS（Sequence Tagged Sites）序列标志位点 对特定引物进行PCR扩增的一类分子标记的统称。 特定引物一般来源于EST 含STS的重叠克隆群(contig): 为搞清某段DNA 的序列而建立起来的一组克隆。被克隆的DNA小片段有相互邻接并部分重叠的关系，从而完全覆盖该段DNA。 完整的物理图谱包括：不同mRNA的重叠克隆群 、大片段限制性内切酶切点图 、STS的路标图、基因中广泛存在的特征性序列标记图等。 （三）序列图谱 人类基因组30亿bp的全序列图。 以遗传图和物理图为基础建立。 先把庞大的基因组分为若干有路标的区域，再测序。 基本材料：一个DNA序列的重叠克隆群（使测序工作不断延伸） （四）基因图谱（gene map） 或转录图谱（transcription map）。 即在人类基因组中鉴别出占2%至5%的全部基因的位置结构与功能。 基本原理：蛋白质推测mRNA的序列，mRNA反转录为cDNA，然后利用其与所测序列进行杂交，鉴别出与转录有关的基因。 基因图谱的意义 1、能为估计人类基因的数目提供可靠的依据。 2、提供不同组织、不同时期基因表达的信息（数目、种 类及结构功能）。 3、提供结构基因的标记，可以作为筛选基因的探针，有 直接的经济价值。 4、鉴定病态基因（如癌基因）的变异位置 人类基因组4 张图谱之间的关系 HGP细节研究成果 1 全部人类基因组约有2.91Gbp，约有39000多个基因； 2 目前已经发现和定位了26000多个功能基因 。 3 基因数量少得惊人。 4 人与人之间99.99％的基因密码是相同的。 5 人类基因组中存