编号农业微生物研究中心2010-08-19共6页承担单位福建农科.docVIP

编号：生物[2010-08-19], 共页 承担单位：福建省农科院农业生物资源研究所 试验设计： 试验项目：青枯雷尔氏菌RS98基因预测及同源基因比对 试验人员：唐唯其 试验负责： 报告日期：2010-08-19 计数月份：2010年07月 研究资格系数 (0.5-1.0) 实验设计系数 （0.9-1.0） 报告得分 总分 实验设计 实验记载 实验分析 实验简报 实验文章 1-20% 21-40% 41-60% 61-80% 81-100% 1%-5% 设计，实施实验，记载，分析清晰，结论清晰文献完整，发表水平 福建省农业科学院农业生物资源研究所 农业微生物研究中心 电话: 0591 传真: 05911．试验目的试验方法RS98的Contig序列得自Solexa测序拼接。 从NCBI FTP上下载所有细菌基因组数据，包括FASTA格式的蛋白质序列、CDS核酸序列、全基因组序列，GFF格式的基因特征信息，GB格式的基因组序列，在本地服务器上构建BLAST比对数据库。 2.2 基因预测 细菌的基因预测常用的软件有Glimmer3和GeneMarkS，前者是开源的免费软件，而后者是商业软件，对学术用户免费。 本实验同时采用了这两种基因预测工具，互相进行一番验证，但考虑到Contig序列比较零散，相当多的基因在测序及拼接时只得到部分片段，