2009-2010年太湖宏基因组和太湖滇池铜绿微囊藻全基因组.docVIP

2009-2010年太湖宏基因组和太湖、滇池铜绿微囊藻全基因组数据集 （编写人姓名：李涛 编写人单位：中国科学院水生生物研究所 通信地址：湖北省武汉市东湖南路7号 邮编：430072 Email：litao@ihb.ac.cn 编写时间：2012年4月25日） 项目 内容 1数据集名称 名称需包含：内容；时间；地点；尺度（比例尺或是属于区域还是点位观测）等信息。 2009-2010年太湖宏基因组和太湖、滇池铜绿微囊藻全基因组数据集 2 数据集内容说明 2.1 数据集内容一般描述 a. 数据内容（数据文件/表名称，包含的观测指标内容） 数据文件名称：2009-2010年太湖宏基因组和太湖、滇池铜绿微囊藻全基因组数据集 数据文件包含2009-2010年的太湖宏基因组拼接数据和太湖、滇池微囊藻全基因组拼接数据 太湖宏基因组数据包含10个文件: 2009-1太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-3太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-4太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-5太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-6太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-7太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-8太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-9太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-10太湖宏基因组拼接序列.txt 2009-11太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-06太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-07太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-08太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-09太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-10太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-11太湖宏基因组拼接序列.txt 2010-12太湖宏基因组拼接序列.txt 太湖铜绿微囊藻全基因组序列.txt 滇池铜绿微囊藻全基因组序列.txt b. 项目来源 国家重点基础研究项目 f. 数据的空间范围、投影方式 数据包含太湖北部一个点位： N2 N31°?2465.3?E120°1123.9 g. 数据的学科范围 属于藻类生态学和基因组学范围 h. 数据的量 大小约221.5M i. 数据类型（文献、属性、矢量、栅格、文本等） Txt文本文件 j. 数据更新的频度 一月一次 k. 缩略图（可选。反应数据集内容或观测过程、场景等的示意图） 无 L．其它需要说明的内容 无 2.2 字段（要素）名称解释 a. 名称解释 字段1：时间 数据类型：日期型 字段2:点位 数据类型：字符型 字段3：藻种类型 数据类型：字符型 字段4：名称 数据类型：字符型 b. 量纲（度量单位） 无 c. 数据精度（数字图像的解析度/比例尺） 太湖每月一次数据和实验室内实验数据 3 数据源描述 a. 如果是来自文献、资料等，将数据源列表 b. 如果来自相关课题，要列出课题负责人、单位、资助者 第一课题 水华蓝藻适应与竞争的生物学机理 第五子课题 水华蓝藻的遗传特征研究 负责人：李涛， 单位：中国科学院水生生物研究所 c. 如果是镜像、购买、交换、下载数据，要说明出处 无 如果是试验、观测、调查数据，要说明相关的仪器、设备、方法、过程的基本信息 1、样品采集。 2、DNA提取。 3、二代深度测序（宏基因组测序和全基因组测序）。 4、数据拼接与分析。 野外数据采集时间：每月一次 e. 如果是统计数据要说明数据发布的部门 f. 其他数据要说明数据产生基本情况 4 数据加工方法 a. 如果是属性数据、文本数据要写明数字化手段 本数据是由北京诺赛基因公司测序 b. 如果是空间数据要写明数据数字化工具和简单流程 在太湖N2采样点采集水华样品，每月采集一次，持续采集10个月，提取DNA后进行深度测序从而产生大量的测序数据，之后运用生物信息学进行后续的数据分析与处理。 c. 如果是经过数学运算、或模型产生的数据要交待清楚数学运算的算法和模型，并注明算法和模型的出处 d. 其它方法 5 数据质量描述 a. 原始资料数据精度 严格按照仪器操作规范进行观测和数据采集，统计依据为生物公司测序结果，后续分析方法严格按照生物信息学要求进行。 b. 项目数据产生和汇集过程中的相关质量控制措施，包括完整的数据产生过程、使用的方法和标准规范、数据应用范围等内容。 (1)数据生产过程:对采样和监测人员进行事前培训，考核合格后上岗，建立生态监测数据质量管理的相关制度，以保证样品采集、保存、运输、前处理、实验室分析以及数据汇总、综合分析等全过程的质量。 (2)方法和规范 DNA提取方法: a.在约0.1g样品中加入800mlSTE（50 mM Tris?Hcl, 40mM EDTA, 400mM NaCl and 0.75M sucro