从光复活现象说开去——光修复酶分子机理和延伸思考.docVIP

从光复活现象说开去——光修复酶的分子机理及延伸思考 09300700014 李宜来 摘要：许多微生物为了应对紫外线对自身DNA的损伤，都有一种光复活的现象。此种现象主要由光修复酶（photolyase）来完成。本文简单地介绍了光修复酶发挥作用的分子机理，并通过对其同源蛋白——蓝光蛋白（cryptochrome）的介绍，来提出一些新的猜想与研究思路。 关键词：光复活 光修复酶 正文： 在实际生产和生活中，我们经常会采用紫外线消毒的手段来杀灭微生物。该方法消毒效率高，简单易行，并不需投放化学药剂，没有有毒害的副产物出现，所以在各领域都得到了广泛的应用。然而紫外线消毒的方法也存在一些弊端，使得其无法杀灭所有的有害微生物。细菌的光复活现象就是其中之一。 紫外线之所以能够用于消毒，是因为它（主要是波长在220nm - 320nm之间的短波紫外）能够使细菌的DNA形成嘧啶二聚体，造成DNA的损伤。由于嘧啶二聚体一旦形成，就不能通过非光化学反应来重新返回到两分子嘧啶碱基的状态中去，所以会阻碍DNA的正常复制和表达，从而导致细菌的死亡。具体的反应如下图所示： 图1 紫外线引发嘧啶二聚体的形成反应 然而，面对紫外线造成的DNA损伤，细菌并非束手无策。光复活现象就是专门来应对此类损伤的。它利用光修复酶（DNA photolyase）来催化依赖光照的酶促反应，使嘧啶二聚体裂解。下文主要从结构的角度入手，来介绍光修复酶在光复活反应中的分子机理。 光修复酶是一类广泛存在于各种生物中的蛋白质，除了哺乳动物之外均发现有其存在。然而对于光复活的机制，尤其是光修复酶在整个过程中的分子机理，在大肠杆菌（E. coli）以及一些藻类中研究得最为清楚。图2是大肠杆菌中光修复酶的晶体结构（来自Protein Data Bank，DOI: HYPERLINK /10.2210/pdb1dnp/pdb \o Digital Object Identifier for 1DNP 10.2210/pdb1dnp/pdb）。图中所示左下角区域即为光修复酶结合DNA嘧啶二聚体的位置，实际上在这个位置有一个沟状结构，恰好能够使得DNA嵌入。 大肠杆菌的光修复酶有两个辅基：核黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）以及次甲基四氢叶酸（MTHF）。前者通过自身的氧化还原来直接作用于嘧啶二聚体，而后者则被猜测可能具有“天线”一样的作用，吸收光子以引起光诱导的反应。 FAD在光修复酶中有氧化态和还原态两种形式，其中当FAD处于还原态时，光修复酶是有活性的。具体说来，首先，激发态的FADH-*将电子传递给嘧啶二聚体，然后自身变成氧化态。接受了电子的嘧啶二聚体变得不稳定，先是C5-C5’键断裂，然后C6-C6’键也随之断裂，从而使嘧啶二聚体变回两分子的嘧啶碱基。而在最后，已经裂解的嘧啶二聚体再将电子传回给FADH·，使其变回还原态。 另一方面，FAD自身也要通过电子传递链来得到电子并激发。这是通过光修复酶中的一个色氨酸电子传递链来实现的。图3为上述的色氨酸电子传递链中三个关键的氨基酸以及 图2 大肠杆菌中光修复酶晶体结构 FAD在光修复酶中的空间位置。从图中可见，它们之间的空间位置相隔非常近，足以进行化学上的电子传递。猜测中的电子传递顺序是：W306递电子给W359，再给到W382，最后传给FAD。在对相应的色氨酸进行突变（突变成无法进行电子传递而空间大小于色氨酸相近的苯丙氨酸）后，发现电子传递无法进行，也间接证实了对电子传递链的猜测。然而，尽管有上述以及其他的间接证据，尚没有直接证据表明W359和W382确实参与了上述所猜测的色氨酸电子传递链。 图3 色氨酸电子传递链各成员在大肠杆菌光修复酶中的空间位置 之前曾经提到，光修复酶不仅在微生物中存在，在其他生物中也广泛存在。更值得一提的是，近来备受关注的蓝光蛋白（cryptochrome）也是光修复酶的同源蛋白。和光修复酶相似，蓝光蛋白是一类光受体蛋白。它在不同种生物体中发挥着不同的作用，譬如拟南芥中的蓝光蛋白主要调节其昼夜节律变化，小鼠体内中的蓝光蛋白调节其生理时钟，并发现于细胞凋亡以及癌变有着重要的关系。果蝇等昆虫中的蓝光蛋白则更为有趣，它不仅在昆虫生理时钟的调节上发挥作用，并且可以作为地磁感应的受体，在其飞行方向的导航上发挥作用。昆虫的蓝光蛋白是极少数被发现有感应地磁功能的蛋白质之一。而对于所有的蓝光蛋白，其N端的很大一部分区域与光修复酶有极高的同源性，只是C端的不同才引起了二者功能上的差异。上周，Nature上最新发表的一篇文章给出了果蝇蓝光蛋白的全长结构（图4），可以看出，它和距离其亲缘关系很远的大肠杆菌的光修复酶相比，二者结构上也比较相似。所以，我们可以通过其已知的结构入手，参考已经研究得比较清楚的DNA光修复酶的分子机理来猜测并验证这种蓝光蛋