扫描探针显微镜中数据格式的分析及转换程序的设计 standardization and transform of spm data formats.pdfVIP

第30卷第3期 电 子 显 微 学 报 v。1．30．N。．3 2011年6月 JoumalofChinese Electron 20ll—06 MicroscopySociety = ===：==：==：：： ： ：：：======：== 文章编号：1000_6281(2011)03旬215旬7 扫描探针显微镜中数据格式的分析及转换程序的设计 黄龙飞，丁喜冬。 (光电材料与技术国家重点实验室，中山大学物理科学与工程技术学院，广东广州510275) 摘 要：随着扫描探针显微镜技术发展和广泛应用，扫描探针显微镜的技术标准化问题在国内外受到越来越多的 关注。然而在数据格式方面，由于所用硬件平台的不同等原因，各制造商所生产的扫描探针显微镜大多使用专用 的数据格式。这些数据格式又往往互不兼容，给数据后续的分析处理和交流共享带来不便。本文首先对扫描探针 显微镜中数据格式的发展及应用较多的格式进行了分析，然后从扫描探针显微镜现有数据的类型、内容和特点出 发，研究了规范扫描探针显微镜数据格式的基本要求扣思路；经过比较和筛选提出了一种基于HDF5标准 data (hierarchical 之间的相互转换，完成了格式方案和代码资源的开源共享。 关键词：扫描探针显微镜；数据格式；标准化；格式转换；开源 中图分类号：TH73；TP317；TGll5．2l+5．7文献标识码：A 近年来，伴随着扫描探针显微镜(SPM)软硬件整存储的统一文件格式标准，实现存储格式的标准 平台的不断发展和广泛应用，sPM技术的标准化问 化。通过对sPM数据格式的广泛调查及目前发展 题在国内外受到越来越多的关注¨。1。国际标准化 组织(ISO)已经于2004年将sPM标准化列入其工 一数据格式规范方案。该方案能完全兼容现有流行 作框架之内并建立了相应的技术委员会和分委员会 的各种格式标准，并完全无损地将它们所包含的数 (TC201／SC3，dataand managementtreatment)‘4】。 据包容进来，实现了标准的前向兼容。本文所提出 在SPM的数据格式方面，由于所用硬件平台的 的方案能方便地实现现有格式向新格式的过渡，同 不同等原因，各制造商所生产的扫描探针显微镜大 时具有良好的开放性、可扩展性和存储性能，能够满 多使用专用的数据格式。目前存在几十种不同的 足SPM领域未来对数据的存储、处理和共享的要 SPM数据文件保存格式，大部分都是非开放的，只 求，可为SPM数据格式标准化的实现提供参考。 能在某种特定的软件平台上存取及进行相关的处 1 SPM数据格式分析 理。这些格式一般互不兼容，也难于转换，为数据后 续的分析处理和交流共享带来不便。为此，IsO建 1．1 SPM数据文件及其组成 立了相应的研究小组(WG一1，infomationfo瑚ats)深 入研究sPM中的数据管理问题H1；其近期目标是发 量、扫描、加工等数据及后处理结果等相关数据，并 展一种公共的数据格式转换标准和相应软件使不同 以纯文件形式存储于普通文件系统中。一般地， 仪器采集的数据能够互相交换，提出SPM数据格式 SPM数据文件所承载的主要信息包括两类：实际数 标准化的详细需求。根据IsO目前公布的基本思 据及元数据。其中，实际数据一般是以多维数组形 路，最终将建立集成的sPM数据库完成数据的标准 式存储的若干次彼此独立或相关的扫描、测量的数