贝叶斯因子法在畜禽全基因组关联分析中的应用.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2014 年，第33卷，第6期，第 1211-1216页 GenomicsandAppliedBiology,2014,Vol.33,No.6,1211-1216 研究报告 ResearchReport 贝叶斯因子法在畜禽全基因组关联分析中的应用 1* 2 梅步俊 王志华 1河套学院农学系, 巴彦淖尔,015000;2河套学院土木工程系, 巴彦淖尔,015000 *通讯作者,meibujun@163.com 摘 要 为了剔除畜禽全基因组关联分析结果中的假阳性结果，寻找最优的假设检验方法，解决畜禽全基因 组关联分析中的多重比较问题，本研究将现有GWAS研究中常用的七种假设检验方法和贝叶斯因子法进行 比较。通过对模拟数据和公开数据集的研究，结果表明：畜禽全基因组关联分析中用贝叶斯因子法进行假设推 断，其优良的统计性能与假设检验数目(SNP数)和最小等位基因频率(MAF)基本无关，其在假设检验中的某些 表现优于其它几种基于 值( -value)的方法。本研究为进一步解决畜禽全基因组关联分析中的多重比较问题 p p 奠定了基础。 关键词 畜禽,全基因组关联分析, 贝叶斯因子,多重比较, 多重检验,假设检验 Application of Bayesian Factor Method in Genome-wide Association StudiesinAnimal MeiBujun 1* WangZhihua2 1AgricultureDepartment,HetaoCollege,Bayannur,015000;2DepartmentofCivilEngineering,HetaoCollege,Bayannur,015000 *Correspondingauthor,meibujun@163.com DOI:10.13417/j.gab.033.001211 Abstract Inordertoeliminatethefalsepositiveresultsintheanalysisofgenome-wideassociationoflivestock andpoultry,weattemptedtofindtheoptimalsolutionofthehypothesistestmethodtothemultiplecomparison probleminthestudiesofgenome-wideassociationoflivestockandpoultry.Sevenkindsofhypothesistestmethods commonlyusedinthestudyofGWASandBayesianfactormethodwerecomparedinthisresearch.Thestudyofthe simulationdataandpublicdatasetshowedthatthestatisticalpropertiesofthehypothesistestandexcellentnumber (SNPnumber)andtheminorallelefrequency(MAF)wasalmostindependentbasedonhypothesesinferredby Bayesianfactormethodofgenome-wideassociationanalysisoflivestockandpoultry.Someoftheperformancein Bayesianfactormethodofgenome-wideassociationanalysisshouldbebetterthanthatofothersbasedonthe p value( -value)method.Thisstudymightlayafoundationforfurthersolvingthemultiplecomparisonproblem p analysisofgenome-wideassociationinlivestockandpoultry. Keywords Livestockandpoultry,Genome-wideassociationstudy(GWAS),Bayesfactor,Multiplecomparisons, Multipletests,Hypothesistesting 多重比较问题是全基因组关联分析中的重要问 1995)。已有许多学者研究或讨论过贝叶斯因子在基 题，寻求最优的假设检验方法一直是