功能基因的序列比对方法分析.docx

功能基因的序列比对1.切除载体和(或)引物a.打开所有的原始引物序列于一个EditSeq的窗口中b. export all as onec.保存d.打开这个保存的文件，开始切除载体和引物e.选择载体插入点两侧的序列(10-15个的样子)搜索注意：不存在正反向的问题，都是一个方向，因为测序的时候是选择两个载体上的引物其中的一条来往后测序的！切完之后另存为f. 重新打开这个文件，开始切除引物方法同切载体，但是要注意正反向的问题。比如mcrA基因，其引物为Forward: 5-GGTGGTGTMGGATTCACACARTAYGCWACAGC-3Reverse: 5-TTCATTGCRTAGTTWGGRTAGTT-3先找Forward 5’端，此时只找到的部分序列。切去5’端。然后再切这些切掉5’端序列的3’端的序列，此时其3’端序列应该是Reverse 的反向互补序列。切去这个反向互补序列，这样一来这个些序列就已经被切去两端的引物了。但此时还剩下另一部分未切除任何引物的序列，此时记下这些序列的编号，先切去Reverse 5’端。再用Forward 的反向互补序列切去3’端，这样剩下的序列也都被切除两端的引物了。2将所有序列调整为同向序列：a. 选择前面记录编号的序列，将这些序列一个个都转换为其反向互补序列。这样一来所有的序列都成为同向序列了，即在DNA两条反向互补链的其中一条上的比较了。b. 保存该文件3 生成OTUsGoogle 搜索”Fastgroup II”或/fg_tools.htm(Online grouping--注意勾选的选项)Choose method 里面相似度可以选97%或98%提交之后出现的窗口如可以看到被分为了10个OUT每个OUT都自动选择了一个代表序列。全选将其复制到word中，备用。并把其中的那些代表序列都复制下来粘贴到TXT保存。4 寻找嵌合体: 一般是对16S rRNA 来说的两个网站：/FindChimerasOutputs.html (或搜decipher chimera).au/bellerophon/bellerophon.pl (或搜bellerophon chimera check)5翻译网站：http://pfam.sanger.ac.uk/在保存有OTUs的TXT文件中，一个一个翻译成蛋白质序列。最后保存。在用Expasy翻译的时候选择第二个选项点击翻译理想的情况是这段序列中应该是没有终止序列的即”-”符号，因此先选择阅读框较长，整段序列也没有终止子的那些，如图，先选择第二个。复制红色的区域，在blast上比对，看是否是需要的序列，如果是。那么就选择此结果，如果不是，再一一比对其他的罗列结果。或者直接将DNA序列提交到sanger上，出现如下结果Frame2 中有一段绿色，显示就是mcrA的保守家族。那么Frame2 即为正确的翻译方法。另存为，只保留pro的序列的TXT改名为.FAST格式6寻找最相似序列打开这个FAST文件，开始一个个找最相似序列了。在这个窗口，开始blast。找到一个序列后复制其DNA的编号点击这个按钮出现这个窗口把复制的DNA编号手动输入点击OK 则这个序列被自动添加到了FAST文件里了。一般一个序列寻找3个相似度不等的序列。最后，保存为一个新的FAST文件。7画系统发育树打开前面的FAST文件，全选文件”W”一下，再直接点OK左右两头各删除带*之前的序列，另存为新的FAST文件。打开这个FAST文件开始画树。8最后对画的树进行一些修饰。