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第18卷第1期 聊城大学学报(自然科学版) VoI．18No．1 2005年3月 JournalofLiaochengUniversity(Nat．Sci．) Mar．2005 分子动力学模拟基本原理和主要技术 崔守鑫D 胡海泉D 肖效光D 黄海军2’ (”聊城大学物理科学与信息工程学院，山东聊城252059； ∞中国工程物理研究院流体物理研究所，四川绵阳621900) 摘 要 综述了分子动力学模拟技术的发展，从原子(或分子)运动的角度出发，简要地介绍了分 子动力学方法的基本理论以及对一些感兴趣量的提取．并且还简要地说明了分子动力学的用途以 及与其它方法的结合．最后还指出了分子动力学模拟方法本身进一步的研究方向． 关键词 分子动力学，有限差分法，相互作用势，结构分析技术 文献标识码A 文章编号 1672—6634(2005)01—0030—05 中图分类号0411．3 凝聚态物质的宏观现象是由极大量分子、原子的运动和相互作用的反映，在本质上都带有统计性质． 随着人们对凝聚态物质的微观结构的不断深入了解，人们愈加需要从统计角度探讨凝聚态物质的宏观现 象的基本规律，寻找内在的联系．现在凝聚态理论已经深入到知其所以然的阶段，在量子力学和统计力学 基础上探讨宏观现象和微观结构的本质．统计力学是研究凝聚态物质的微观结构和宏观现象的桥梁，它的 理论已取得了很大的成就，但凝聚态物理问题非常复杂，纯粹用解析理论来描述目前尚难以实现．随着计 算机的软硬件和计算技术的长足发展，利用计算机对物质的微观结构和运动进行数值模拟计算得到了迅 速发展，并在此基础上发展了用数值运算统计求和的方法：分子动力学(MD)方法和蒙特卡罗(Mc)方法． 这两种方法可以按照原子(或分子)的排列和运动的模拟以实现宏观物理量的计算，不仅可以直接模拟许 多物质的宏观凝聚特性，得出与实验结果相符合或可比拟的计算结果，而且可以提供微观结构、粒子运动 以及它们和物质宏观性质关系的明确图像，有利于从中提取新的概念和理论．这两种方法又可视为“计算 机实验”，利用粒子之间的真实相互作用势，也可用半经验势计算凝聚态物质的结构和热力学性质，从而很 方便的对相互作用与宏观性质之间的关系进行考察，据此提出有关物理现象的理论．从而，这种“计算机实 由于计算机速度和内存的限制，早期模拟的空间尺度和时间尺度都受到很大的限制．21世纪80年代后期， 由于计算机技术的飞速发展和多体势函数的提出与发展，为分子动力学模拟技术注入了新的活力．1972 围．目前，许多在实际实验中无法获得的微观细节，而在分子动力学模拟中可以很方便的得到，这种优点使 得分子动力学模拟在新材料的研究和开发、预测材料的介观和宏观性质等领域显得非常重要，由此改变了 过去理论计算与实验的关系． 1分子动力学的运动方程 分子动力学模拟的出发点是假定粒子的运动可以用经典动力学来处理，对一个由Ⅳ个粒子构成的孤 国家自然科学基金重点项目(0299040)、中国工程物理研究院科学技术基金资助课题(2000103) 收稿日期：2004—12—15 万方数据万方数据 第1期 崔守鑫等：分子动力学模拟基本原理和主要技术 31 个原子的质量和位置．V，一一a／Ori，V(r，，，。，rN)为体系所处的势． 2运动方程的数值积分 计算机模拟方法的基点是利用现代计算机高速和精确的优点，对几百个以至上千个分子的运动方程 进行数值积分．有许多不同的积分方法，它们的效率和方便程度各异．问题基本上就是用有限差分法来对 二阶常微分方程进行积分．常用的有以下几种方法． 2．1 Verlet算法[31 Verlet算法是在60年代后期出现的，对扩散分子的质心运动的积分是最稳定的也是最常用的数值方 法．它运用t时刻的位置和加速度以及t时刻的位置来预测f+＆位置．其积分方案，以三阶Taylor展开为 基础，由以下方程给出 r(t+)=2r(t)一r(t一)+＆2口(f)，(1) 不是一个自启动算法，新位置必须由t和f一时刻的位置得到． 2．2“蛙跳”(Leap—frog)