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生物信息学概论 生物信息学概论 第六章分子进化与系统发育 分析(2) Bioinformatics, 2014, HUST 本章内容提要(续) 本章内容提要(续) 本章内容提要(续) 1. 密码子偏好及相应分析 2. 氨基酸序列的进化演变 3. DNA序列的进化演变 4. 同义与非同义的核苷酸替代 5. 系统发育树的构建 6. 分子钟与线性树 Bioinformatics, 2014, HUST 第三节DNA序列的进化演变 第三节DNA序列的进化演变 第三节DNA序列的进化演变 1. 基因组上存在着多种多样的DNA区域， 例如蛋白质编码区，非编码区，内含子， 侧翼区，重复片断以及插入序列等 2. 本章考虑蛋白质与RNA的编码区的DNA 序列的进化演变模型 3. 进化模型：Jukes-Cantor法与Kimura 两参数法 Bioinformatics, 2014, HUST 两条DNA序列的差异 两条DNA序列的差异 两条DNA序列的差异  1. 对于两条长度为n的DNA序列，不同的碱基对为 nd ，则两条序列的差异性可表示为： nd p n 2. 核苷酸的改变：转换P、颠换Q,则p=P+Q 3. 当p较小时，如果核苷酸替代是随机发生的， Q=2P; 通常转换比颠换出现频率高； 4. 转换/颠换比：   P R  Q Bioinformatics, 2014, HUST 核苷酸替代数的估计 核苷酸替代数的估计 核苷酸替代数的估计 Bioinformatics, 2014, HUST Jukes-Cantor法 Jukes-Cantor法 Jukes-Cantor法  1. 假定任一位点的核苷酸替代的频率相等，且每 一位点的核苷酸每年以α的概率演变为其他三种 核苷酸的一种 2. 因此，一个核苷酸演变为其他三种核苷酸之一 的概率为γ= 3 α 3. 假设，在t年前分化出两条核酸序列X和Y, qt表 示X和Y值之间相同核苷酸的比例值，p =1-q ， t t 表示X和Y之间不同的核苷酸的比例值 Bioinformatics, 2014, HUST Jukes-Cantor法(2) Jukes-Cantor法(2) Jukes-Cantor法(2) 4. 对于X和Y之间相同(q )的核苷酸的一个位点，在 t 时间t+1时(过了一年)，以(1- γ)2 的概率保持不变; 2 当γ较小时，γ可以忽略，则qt+1=1-2 γ 5. 对于X和Y之间不同(1-qt)的位点，假设在时间t 时，X序列上的位点位i，Y序列上为j ：如果X 的i变 成j ，而Y上的j 不变，则二者将相同；事件发生的概 率为α(1- γ