细菌小RNA的调控及在代谢工程中的应用.PDFVIP

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１７，３７（６）：９７１０６ ＤＯＩ：１０．１３５２３／ｊ．ｃｂ 细菌小ＲＮＡ的调控及在代谢工程中的应用  赵秀丽　周丹丹　闫晓光　吴昊　财音青格乐　李艳妮 　乔建军 （天津大学化工学院　系统生物工程教育部重点实验室　天津化学化工协同创新中心合成生物学平台　天津　３０００７２） 摘要　细菌代谢工程需要优化基因的表达来平衡代谢物通量分布和减少有毒的中间体积累，从 而提高产物生物合成。细菌小ＲＮＡ（ｓｍａｌｌＲＮＡ，ｓＲＮＡｓ）与靶标ｍＲＮＡ通过碱基互补配对结合来 抑制或激活其靶标基因的表达。ｓＲＮＡ在细菌的生理过程中都起到了至关重要的调控作用，因此 被认为是细菌代谢工程中调节靶标基因表达的有力工具。近年来，越来越多的人工合成ｓＲＮＡ在 细菌代谢工程中得到应用，分别就细菌ｓＲＮＡ的靶标识别和其对靶标的调控及代谢工程中的应用 做了总结概括。 关键词　细菌　小ＲＮＡ　调控　代谢工程 中图分类号　Ｑ７５２ 　　细菌代谢工程为环境治理、医学应用，可再生能源 １　细菌ｓＲＮＡ靶标基因的预测与鉴定 的化工生产提供了支持，但是代谢工程也面临诸多问 题，如平衡关键代谢物的流量分布、有毒中间体积累和 　　随着大量的ｓＲＮＡ被发掘，识别ｓＲＮＡ的靶标进而 生产环境压力等。为了更好地感知和响应外界环境的 探究其功能已成为当今生物学领域研究的热点之一。 变化，同时完成自身的体内循环，使代谢产物的生物合 细菌ｓＲＮＡ靶标基因的识别主要通过基于生物信息学 成更高效，越来越多的细菌 ｓＲＮＡ应用于代谢工程中。 的计算机预测方法与实验分析方法的结合来进行。 细菌ｓＲＮＡ是一类长度在５０～５００ｎｔ之间，不编码蛋白 　　生物信息学的计算机预测方法对细菌 ｓＲＮＡ靶标 质的ＲＮＡ分子，主要以转录后调控的形式来发挥其调 的预测主要依据序列长度、碱基匹配、ＲＮＡ二级结构、 控作用。这样利于较小的靶标ｍＲＮＡ的周转并且可以 序列保守性及其位置等特点。目前常用的ｓＲＮＡ靶标 ［１］ ［６］ ［７］ 完成对不同靶标的分级调控 。ｓＲＮＡ是从转录水平 ｍＲＮＡ预测的软件有 ＲＮＡＰｒｅｄａｔｏｒ 、ｓＲＮＡＴａｒＢａｓｅ 、 ［８９］ ［１０］ ［１１］ ［１２］ 对菌体生理活动进行调控，设计和合成ｓＲＮＡ策略的优 ＣｏｐｒａＲＮＡ 、ＲＮＡｕｐ 、ｓＲＮＡＴａｒｇｅｔ 、ｓＴａｒＰｉｃｋｅｒ 、 势在于不需要敲除染色体基因组就可以调控微生物代 ［１３］ ［１４］ ［１５］ ［１６］ ＩｎｔａＲＮＡ 、ＴａｒｇｅｔＲＮＡ２ 、ＲＮＡｃｏｆｏｌｄ 、ＲＮＡｐｌｅｘ 和 ［１７］ 谢网络，避免了突变菌株库的构建过程，省时省力，而 ＲＮＡｈｙｂｒｉｄ 。ＣｏｐｒａＲＮＡ、ＲＮＡｐｌｅｘ、ＩｎｔａＲＮＡ、ＲＮＡｕｐ 且ｓＲＮＡ的表达不会为微生物代谢增加负担。现已发 和ＴａｒｇｅｔＲＮＡ２能够识别最有可能发生相互作用的局部 ［２３］ 现了超过１５０多种细菌ｓＲＮＡ ，有关ｓＲＮＡ的研究大 区域并打分；ＲＮＡｈｙｂｒｉｄ和 ＲＮＡｃｏｆｏｌ