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2017-08-27 发布于江西
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Geneious使用

Geneious 使用安装 --exe-- 打开 geneious 初始界面如下图： Alignment 可用于比对， tree 建树， assembly 拼接。序列拼接右键点击 local ，创建新文件夹，测序公司提供 *.abi 格式文档，可直接拖动，或者 file-import 。导入完成后结果如图：为了准确可再次导入一个参考序列。选择需要拼接的序列和参考序列进行 assembly，（示例：DTH8 和 DTH8-13F/R ），弹出窗口参考序列为 DTH8 （自动识别），选择不要剪切 ok 。拼接完成图按住 ctrl ，向上滚动鼠标即可放大，与参考序列一致颜色不变与参考序列不一致颜色蓝色此时选择上面的峰，第一个不一致处，多出一个 G ，点击 allow editing ，光标变为绿色，将其放在 consensus 上，删除“ - ”，下面一行的 G 则被删除，序列校正过后再点击 allow editing ，如图 -- 下一处不同竖着看 --A--A, 选择 A ，不需要修改。整个序列校正完毕后，点击 save 。若需要导出序列选择 consensus，全选该序列，点击 file-export-selected documents 如何比对？将之前导出的 fasta 再导入，如图：全选后 alignment ，得到结果颜色不是灰色的即为有 SNP 的地方，放大后结果如图其他功能： Tools--Find ORF, 结果如图：