生物信息学应用实例习题报告201512120161231姓名：学号.docVIP

《生物信息学》应用实例习题报告 2015.12.15 - 2016.12.31 姓名： 学号： 班级： 第1题 第2题 第3题 第4题 第5题 第6题 第7题 第8题 总分 备注 满分 11 13 16 25 9 8 8 10 100 得分 说明：实例报告成绩满分100分，占期末成绩70%；十次平时作业成绩的平均分，占期末成绩30%。 期末成绩 = 实例报告成绩x 70% + 平时作业成绩 x 30% + 活动加分 期末成绩满分100分，超过100分按100分计。 ====================================================================================== 第1题（11分） 请从UniprotKB（ ） 数据库中查看编号为P62694的蛋白质的详细信息： 这个蛋白质的中文名字是什么（1分）？ 属于：植物，动物，还是真菌（1分）？ 四个糖基化位点在哪里（2分）？ 这个蛋白质包含一个叫CBM1的结构域，该结构域在纤维素酶降解不可溶纤维素中起着重要的作用。请找出这个结构域在该蛋白质氨基酸序列中的位置（1分）。 找出该蛋白质CBM1结构域在PDB数据库中对应的相关三级结构，写出PDB_ID（1分），贴出结构图片（1分），说出解析该结构所使用的实验方法（1分）。 通过BLAST搜索，从Swissprot数据库中找出和这个蛋白质序列水平上最相似的3条序列，不包括该蛋白质自己本身（截屏就可以，3分）。 ====================================================================================== 第2题（13分） 用EMBL双序列比对工具（http://www.ebi.ac.uk/Tools/psa）对下列两条蛋白质序列分别作全局比对（Needle算法）和局部比对（Water算法），参数选择默认值。分别给出比对结果（截图即可， 4分）及对应的identity和similarity（4分），并说说看两个比对结果的区别（5分）。 seq_1 CLHFDLPWYLRMLGQCTQTWHRVRKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVKNELIPNLE KEDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYEFYFAHHNL FHENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWANLRAAINV NVLATREMYELQTFTELNEESRGSTISLMRTDCL seq_2 MAGVCDMAPNFLSPSEDQALGLALGREVALNCTAWVFSRPQCPQPSVQWLKDGLALGNGS HFSLHEDFWVSANFSEIVSSVLVLNLTNAEDYGTFTCSVWNVSSHSFTLWRAGPAGHVAA VLASLLVLVVLLLVALLYVKCRLNMLLWYQDTYGEVEMNDGKLYDAYVSYSDCPEDRKFV NFILKPQLERRRGYKLFLEDRDLLPRAEPSADLLVNLSRCRRLIVVLSDAFLSRPWCSQS FREGLCRLLELTRRPIFITFEGQRREPIHPALRLLRQHRHLVTLVLWKPGSVTPSSDFWK ELQLALPRKVQYRPVEGDPQTRLQDDKDPMLIVRGRAAQGRGMESELDPDPEGDLGVRGP VFGEPPTPLQETRICIGESHGSEMDVSDLGSRNYSARTDFYCLVSEDDV ====================================================================================== 第3题（16分） 用EMBL - Clustal Omega（http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/）为下面10条蛋白质序列创建多序列比对，多序列比对的输出顺序要和输入顺序一致，结果截图（4分）。比对结果用Jalview以Percentage Identity颜色方案上色，调整字体大小、换行等，以最佳妆容贴图至此处（4分）。用MEGA根据已创建的多序列比对构建系统发生树。参数要求：Bootstrap=1000、 deletion=50%、参数可默认。给出填写完毕的建树参数界面截图（），截图（分），分子树中哪个（或哪几个）物种作为Outgroup最为合理（分） Lamprey PIVDTGSVAPLSAAEKTKIRSAWAPVYS